C2138 Pokročilá bioinformatika

Faculty of Science
Autumn 2007 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
2/0. Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti bioinformatiky.
Syllabus (in Czech)
  • 1-2) Základní bioinformatické pojmy, metody a nástroje. Uvedení do problematiky a opakování.
    3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, nekódující úseky nukleových kyselin, transkripční faktory.
    4) Anotace genomů. Automatická anotace, její správnost, zdroje chyb.
    5) Fylogenetická analýza, fylogenetické stromy, principy.
    6) Posttranslační modifikace a jejich význam. Predikční algoritmy.
    7) Bioinformatický potenciál sacharidů, glykom.
    8) Protein data bank (PDB) – práce s databází, validace, struktur, zdroje chybných strukturních dat.
    9) Predikcni nastroje pro nukleove kyseliny. 2D, 3D struktura, repetice, význam.
    10) Design primeru a mutageneze. Rozdílné přístupy ve vyhledávání primerů pro odlišné účely, možnosti mutageneze in vitro a in silico.
    11) Alignment metabolickych drah, metabolom.
    12) Virtualni screening, specifika databází, vazebná místa proteinů.
Literature
  • XIONG, Jin. Essential bioinformatics. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2006, xi, 339. ISBN 0521600820. info
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
Teaching methods (in Czech)
přednášky s praktickými demonstracemi
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
Listed among pre-requisites of other courses
The course is also listed under the following terms spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Spring 2019, Spring 2020, Spring 2021, Spring 2022, Spring 2023, Spring 2024, Spring 2025.