C2136 Pokročilá chemoinformatika

Faculty of Science
Autumn 2011 - acreditation

The information about the term Autumn 2011 - acreditation is not made public

Extent and Intensity
2/0. Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites
C2130 Introduction to chemoinformatics and bioinformatics
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti chemoinformatiky. Na konci kursu budou studeni schopni provádět predikci fyzikálně chemických vlastností molekul na základě jejich struktury s využitím QSPR modelů. Dále získají studenti zkušenosti virtuálním screeningem a aplikací dockingu v této oblasti. Studenti budou také schopni vyhledávat informace o molekulách a jejich vlastnostech v chemoinformatických databázích. Studenti se rovněž naučí pracovat s moderními metodikami pro zpracování chemoinformatických dat, jako jsou genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů a support vector machines.
Syllabus (in Czech)
  • 1) Modely pro predikci fyzikálně chemických vlastností molekul na základě jejich struktury (QSPR modely) – teoretický popis modelu
    2) Návrh QSPR modelu a výběr deskriptorů
    3) Lineární a multilineární regrese v QSPR modelu
    4) Metriky kvality QSPR modelu
    5) Nelineární QSPR modely
    6) Aplikace QSPR modelů pro predikci konkrétních veličin (pKa, log P)
    7) Virtuální screening v chemoinformatice: “drug-likeness”, virtuální screening založený na struktuře ligandu, virtuální screening založený na struktuře receptoru
    8) Deskriptory ADMET (adsorbce, distribuce, metabolismus, exkrece a toxicita), využití dokingu ve virtuálním screeningu, skórovací funkce
    9-10) Chemoinformatické databáze: Databáze struktur molekul (DTP NCI, Pubchem, Drugbank, Zinc), databáze vlastností molekul a databáze deskriptorů. Vyhledávání v těchto databázích.
    11-12) Moderní metodiky zpracování chemoinformatických dat: genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů, support vector machines
Literature
  • • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
  • • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
  • Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
  • Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
Teaching methods (in Czech)
přednášky s praktickými demonstracemi
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2007 - for the purpose of the accreditation, Autumn 2013, Spring 2014, Autumn 2014, Autumn 2016, Autumn 2018, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2023.