C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář

Faculty of Science
Spring 2008 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
0/2. Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Ve cvičení se studenti seznámí s pokročilými bioinoformatickými metodami.
Syllabus (in Czech)
  • 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench.
    2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit.
    3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin.
    4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů).
    5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb.
    6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING).
    7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu.
    8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace).
    9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics).
    8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat.
    9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin.
    10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze.
    11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment.
    12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
Literature
  • XIONG, Jin. Essential bioinformatics. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2006, xi, 339. ISBN 0521600820. info
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
Teaching methods (in Czech)
praktická cvičení
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
Listed among pre-requisites of other courses
The course is also listed under the following terms spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Spring 2019, Spring 2020, Spring 2021, Spring 2022, Spring 2023, Spring 2024, Spring 2025.