Regulace (kontrola) genové exprese Mechanismy, zajišťující expresi genů ve správnou dobu a na správném místě (časoprostorová regulace). Odpovědi na signály z prostředí (prokaryota) nebo signály z jiných buněk, tkání a orgánů (eukaryota) Roviny kontroly genové exprese 1. Kde a jak často je daný gen transkribován (transkripční kontrola) 2. Jak je primární transkript sestřižen (kontrola posttranskripční – sestřihová) 3. Výběr RNA, které budou transportovány z jádra do cytoplazmy (kontrola transportu RNA) 4. Výběr mRNA, které budou překládány na ribozomech (translační kontrola) 5. Selektivní destabilizace určitých mRNA v cytoplazmě (degradace mRNA) 6. Selektivní aktivace, inaktivace a kompartmentizace specifických proteinů poté, co byly nasyntetizovány (kontrola proteinové aktivity – posttranslační kontrola, transport) Úrovně kontroly exprese genů u eukaryot Je zprostředkována interakcemi regulačních proteinů s regulačními sekvencemi na DNA Regulace genové exprese na úrovni transkripce Regulační oblasti na DNA Regulační protein Molekulární efektor Strukturní gen mRNA (na DNA-vázající se protein) Vazba regulačního proteinu na DNA Interakce proteinu s DNA probíhá prostřednictvím 10-20 kontaktů mezi různými aminokyselinami a funkčními skupinami bází vnější mez cukr-fosfátové kostry na vnější straně dvojšroubovice Vazba regulačních proteinů na obrácená opakování na DNA Regulační oblast DNA obsahující obrácená opakování Po vazbě signální molekuly se regulační protein váže na regulační oblast DNA-vazebné motivy proteinů (DBD domény) Homeodoména - tři spojené α-šroubovice Zinkový prst α-šroubovice + β-struktura Leucinový zip dvě α-šroubovice Vazba proteinu do velkého žlábku DNA Zn Motivy regulačních proteinů Helix-otáčka-helix (HTH) Helix-smyčka-helix (HLH) Proteiny s motivem zinkových prstů antiparalelní β-struktura His Cys α-helix vazba na DNA trojrozměrná struktura vazba proteinu na DNA DNA Vazebný motiv HTH regulačního proteinu Signální molekula Regulační protein Vazba aktivovaného regulačního proteinu na DNA Vazba regulačního proteinu na DNA Struktura dimerního proteinu s motivy HTH Ohyb DNA způsobený vazbou proteinu Vytvoření DNAsmyčky mezi dvěma podjednotkami operátoru Vazba dimeru represoru laktózového operonu na palindromatickou sekvenci operátorové podjednotky O1 Příklad vazby regulačního proteinu na regulační oblast DNA Vazba represoru LacI na sekvence operátorů lac operonu Represor ve formě tetrameru se váže k operátorům O1 a O3 (nebo O2 a O3), tím navodí ohyb DNA a znepřístupní promotor RNA-polymeráze Konverze aporepresoru na reporesor po vazbě korepresoru Konformační změna vyvolaná vazbou tryptofanu umožní vazbu represoru na DNA Promotor/operátor Regulace genové exprese na úrovni transkripce u prokaryot mRNA Regulační protein Molekulární efektor Strukturní genP/O Oblast promotoru a operátoru laktózového operonu aktivační protein represor vazba po směru transkripcevazba proti směru transkripce represor Klasifikace regulátorů regulátory pozitivní negativní Navozují transkripci Zastavují transkripci regulační proteiny alosterické efektory Vážou se na regulační oblast Vážou se na regulační proteiny pozitivní negativní pozitivní negativní Navozují transkripci Zastavují transkripci Umožňují vazbu regulačního proteinu s regulační oblastí Zabraňují vazbě regulačního proteinu s regulační oblastí Negativní a pozitivní kontrola transkripce Negativní kontrola Aktivní regulační protein vypíná transkripci Regulační protein = transkripční represor Pozitivní kontrola Aktivní regulační protein zapíná transkripci Regulační protein = aktivátor transkripce aktivní represor váže se na promotor inaktivní represor neváže se na promotor funkční aktivátor váže se na regulační oblast nefunkční aktivátor neváže se na regulační oblast inhibitor induktor induktor korepresor Promotor je funkční po odstranění represoru Promotor je funkční pouze po aktivaci, která umožní zahájit transkripci regulace Princip pozitivní a negativní regulace transkripce Protein aktivující transkripci Protein zabraňující transkripci Příklad regulovatelného operonu Laktozový operon Escherichia coli z y a terminátoroperátori promotor Represor β-galaktozidáza permeáza acetyláza Všechny enzymy jsou indukovatelné laktózou (alolaktózou) geny terminátoroperátorpromotor Negativní regulace laktózového operonu v rámci enzymové indukce represor (aktivní)RNA- polymeráza Transkripce neprobíhá, neboť represor je překážkou pro pohyb RNA- polymerázy geny terminátoroperátorpromotor represor induktor (inaktivuje represor) RNA- polymeráza Transkripce probíhá, neboť represor se uvolnil z operátoru a umožnil pohyb RNA-polymerázy přes operátor Netvoří se indukovatelné enzymy Tvoří se indukovatelné enzymy Negativní regulace operonu (např. tryptofanového) v rámci enzymové represe geny terminátoroperátorpromotor represor korepresor (aktivuje represor k vazbě na operátor) RNA- polymeráza Transkripce neprobíhá, neboť represor je překážkou pro pohyb RNA-polymerázy Zastaví se syntéza korepresoru jako výsledného produktu dané biosyntetické dráhy Koncentrace korepresoru v buňce bude vysoká geny terminátoroperátorpromotor represor Koncentrace korepresoru v buňce je tak nízká, že nedochází k jeho vazbě na represor Transkripce probíhá, neboť represor se uvolnil z operátoru a umožnil pohyb RNA-polymerázy přes operátor Obnoví se syntéza korepresoru (traptofan) (inaktivní) Pozitivní regulace operonu geny terminátoroperátorpromotor represor induktor Transkripce neprobíhá, neboť promotor je nepřístupný RNA-polymeráze Netvoří se indukovatelné enzymy, ačkoli induktor je přítomen CAP Netvoří se cAMP geny terminátoroperátorpromotor represor induktor (inaktivuje represor) Transkripce probíhá, neboť komplex cAMP.CAP umožnil vstup RNA-polymerázy na promotor Tvoří se indukovatelné enzymy Vytvoří se komplex cAMP.CAP cAMP CAP Globální regulátor = regulační protein, který reguluje větší počet genů po aktivaci signálem (např. Crp (n. CAP), cAMP-receptorový protein) Specifický regulátor = reguluje expresi jednoho nebo mála genů (např. laktózový represor) Nedostatek glukózy aktivace Crp Aktivace různých operonů (laktóza, maltóza, fruktóza) REGULON = skupina genů nebo operonů regulovaná stejným regulačním proteinem Regulátory zvýšení hladiny cAMP Aktivace globálního regulátoru Crp cyklickým AMP Vytvoření aktivního místa pro vazbu na DNA Vazba na DNA Crp = Cyclic AMP Receptor Protein (CAP) Regulace laktózového operonu Přehled vazebných míst pro regulační proteiny a RNA-polymerázu G- L+ G+ L+ G- LG+ L- Vztahy mezi induktorem, korepresorem, represorem a cAMP.CAP Induktor = negativní alosterický efektor = pozitivní regulátor Korepresor = pozitivní alosterický efektor = negativní regulátor Represor = negativní regulační protein = negativní regulátor CAP = pozitivní regulační protein = pozitivní regulátor cAMP = pozitivní alosterický efektor = pozitivní regulátor Mutace represoru nebo operátoru navozují změny exprese operonu Aktivita laktózového operonu ovlivněná mutacemi z y a terminátoroperátori promotor Represor β-galaktozidáza permeáza acetyláza Všechny enzymy jsou indukovatelné laktózou (alolaktózou) Působení regulačního proteinu AraC jako represoru nebo aktivátoru Bez přítomnosti arabinózy se AraC váže na DNA v místech 2 a 3 a brání transkripci operonu araBAD V přítomnosti arabinózy se AraC váže na DNA v místech 1 a 2 a umožní vazbu RNA-polymerázy na promotor Dvoukomponentní regulační systém Senzor (kináza) Regulátor odpovědi SIGNÁL Změna prostředí: chlad, kyslík, živiny atd. autofosforylace Odpověď (aktivace nebo inaktivace genů) fosforylovaná forma regulátoru se váže na DNA Fungování dvoukomponentního regulačního systému ArcAB Systém ArcAB rozpoznává anaerobní nebo aerobní podmínky v prostředí buněk 1. Fosforylace senzoru za anaerobních podmínek 2. Přenos fosfátu ze senzoru na regulátor 3. Represe asi 20 genů vyžadovaných pro aerobní metabolismus, zapnutí asi 6 genů vyžadovaných pro anaerobní metabolismus vazba na DNA Tryptofanový operon E. coli Ukončení transkripce Pozastavení transkripce Začátek transkripce atenuátor Atenuace – umístění atenuátorové sekvence v tryptofanovém operonu oblast vedoucí sekvence OBLASTI SCHOPNÉ SE VZÁJEMNĚ PÁROVAT 4 2 3 1 Sekundární struktura přepisu (RNA) vedoucí oblasti tryptofanového operonu Kodony pro Trp Mechanismus atenuace Kodony pro AA Aminokyselina chybí Aminokyselina je přítomná Kodony pro tryptofan Průběh atenuace tryptofanového operonu Regulace na úrovni RNA – translační kontrola Kontrola rychlosti degradace mRNA vazbou proteinů Úprava mRNA do translatovatelné podoby Kontrola translace mRNA regulačními proteiny pozitivní nebo negativní působení Regulace translace prostřednictvím antisense RNA RNA interference miRNA Regulační protein DNA - - - regulace transkripce Regulační protein RNA - - - regulace translace Působení regulačních proteinů na stabilitu molekul mRNA (ovlivnění degradace mRNA ribonukleázami) Snížení degradace mRNA Zvýšení degradace mRNA Principy ovlivnění stability mRNA po vazbě regulačního proteinu: 1. Protein po vazbě na mRNA přímo ovlivňuje citlivost k ribonukleázám 2. Protein po vazbě na mRNA zesiluje nebo zeslabuje její vazbu na ribozom, což ovlivňuje rychlost její translace a nepřímo poločas její degradace (vazba mRNA na ribozom ji chrání před degradací) Vazba proteinu na mRNA Poločas molekul mRNA u E. coli = 2-3 min Některé molekuly mRNA musí být před translací nejdříve upraveny Původní molekula mRNA („pre-mRNA“) genu adhE (kóduje alkoholdehydrogenázu u E. coli) má sekundární strukturu, v níž jsou RBS a AUG nepřístupny Štěpení mRNA RNázouIII před RBS zpřístupní obě místa, takže jsou na ribozomu rozpoznána U mutant postrádajících RNázuIII není adhE mRNA translatována a buňky nejsou schopny růst anaerobně (fermentovat) RNáza III provádí posttranskripční úpravy tRNA a rRNA Aktivace translace chloroplastové mRNA – geny fotosyntézy Translační aktivátor – protein cPABP – existuje ve dvou konformacích, z nichž ta, která je vzniká po aktivaci světlem, se váže na mRNA, kde mění její strukturu a umožní její vazbu na ribozom Regulace syntézy ribozomálních proteinů u bakterií (translační úroveň) RBS je dostupné nedostupné RBS Preferenční vazba Při nedostatku rRNA se protein váže na mRNA (autoregulace) ribozom Ribozomální proteiny se netvoří Regulace transkripční jednotky S10 obsahující 11 genů kódujících ribozomová proteiny u E. coli Za přítomnosti rRNA se k ní všechny proteiny vážou a vytváří ribozom Za nepřítomnosti rRNA se protein L4 váže na mRNA a zabraňuje její translaci ORF nedostatek Fe, IRP se váže dostatek Fe, IRP se neváže Vazba regulačního proteinu IRP na IRE, zabránění vazby malé ribozomové podjednotky na 5´konec mRNA a tím zabránění iniciace translace IRE je neobsazena IRP, 5´konec mRNA je přístupný, iniciace translace probíhá a tvoří se feritin IRP = iron regulatory protein – monitoruje koncentraci Fe IRE = iron-responsive element Regulace translace feritinové mRNA prostřednictvím IRE (u živočichů) Fe Změna konformace IRP5´netranslatovaná oblast mRNA Regulace translace zprostředkovaná protismyslnou mRNA (antisense RNA) mRNA = sense RNA mRNA komplementárně vázaná antisense RNA se nemůže překládat Vazba bývá ovlivňována regulačními proteiny antisense RNA = Regulační RNA Zásobárna železa Antisense mRNA reguluje syntézu bakterioferitinu – antisense mRNA je přepisována ze samostatného genu Antisense sense Represorový protein Fur (Ferric Uptake Regulator) při dostatku železa brání transkripci anti-bfr RNA a feritin se tak může tvořit bfr je transkribován stále RNA interference (RNAi) = mechanismus umlčování genů, které je indukováno přítomností dvouřetězcové RNA (dsRNA) Mechanismy podobné RNAi umlčují transkripci cílových genů změnou struktury chromatinu a navozením metylace DNA je sekvenčně specifická, dochází k degradaci jak dsRNA tak ssRNA (především mRNA), které jsou homologické s dsRNA, která odpověď vyvolala mechanismus vznikl jako obrana proti virům (ssRNA a dsRNA virům) a transpozonům – v průběhu pomnožování virů vznikají replikativní intermediáty (dsRNA), které jsou signálem pro antivirovou odpověď buňky RNAi je vyvolána plně komplementární dsRNA o délce alespoň 21-23 bp, delší dsRNA jsou nejdříve štěpeny na fragmenty o délce 21-23 bp nukleázou „Dicer“ – tyto fragmenty RNA se označují jako siRNA (short interfering RNA, short interfering RNA, silencing RNA) a jsou vázány proteiny komplexu RISC (RNAinduced silencing complex) komplex RISC rozpoznává a degraduje ssRNA, jejichž sekvence je stejná jako u siRNA. RISC komplex rozmotá a separuje řetězce siRNA, následně se páruje s cílovou RNA nukleázová aktivita RISC komplexu (označovaná jako „Slicer“) pak degraduje cílovou RNA. Průběh RNA interference Mechanismus RNA interference RISC se váže na cílovou RNA a štěpí ji Slicer = nukleázová aktivita RISC komplexu Rozpoznání dsRNA specifickými proteiny Dicer rozštěpí dsRNA na siRNA o délce 21- 23 bp s jedno- až dvoubázovými přesahy na siRNA se váže další protein, který umožní vazbu a aktivaci RISC komplexu RISC komplex odděluje řetezce siRNA siRNA = short interfering RNA RISC = RNA-induced silencing complex Amplifikace RNA interference a její šíření RdRP = RNA-dependentní RNA-polymeráza Slicer štěpí cílovou mRNA CAP polyA Vznik abnormálních RNA Abnormální RNA slouží jako templát pro RdRP, která pak vytváří mnoho molekul dsRNA, které jsou pak konvertovány dicerem na velký počet molekul siRNA siRNA Vazba RISC-k. Štěpení dalších RNA Experimentální navození RNA interference (vytvoření dsRNA) Vytvoření sense/antisense vlásenky Použití konstruktu se dvěma promotory Dva postupy pro vyvolání RNAi pomocí dsRNA • microRNA (miRNA) – krátké jednořetězcové molekuly RNA o délce 21-23 nt, které regulují expresi genů blokováním translace mRNA (příp. indukují její degradací podobně jako u siRNA)) – vážou se především na 3´-nepřekládanou oblast (u rostlin na kódující oblasti mRNA) • Jsou vytvářeny geny mir, které jsou transkribovány, ale nepřekládají se • Byla zjištěna u červů, hmyzu, savců a rostlin, objevena poprvé u Caenorhabditis elegans (small temporal RNA, stRNA), kde řídila časovou posloupnost vývoje během přeměny larvy v imago. • Řada miRNA se účastní regulace vývoje, cílem působení jsou mRNA kódující transkripční faktory regulující expresi dalších genů, některé miRNA mají vztah k buněčnému dělení a rakovině microRNA (miRNA) Micro RNA (miRNA) Separace řetězců a vznik miRISC Prekurzor miRNA (pre-miRNA, ~ 70 nt) vytvořený transkripcí chromozomových genů v jádře (možný přepis obou řetězců) Vytvoření neúplné vlásenky se smyčkou Štěpení vlásenky dicerem (v cytoplazmě) Vazba specifického proteinu Jeden z řetězců miRNA se váže na cílovou (komplementární) mRNA a tím blokuje její translaci pri-miRNA pre-miRNA nukleáza Drosha + protein Pasha („microprocessor complex“) cap polyA Argonaute protein – RNáza degradující druhý řetězec Guide strand Anti-guide strand Průběh vzniku a působení miRNA - animace Charakteristika genomu a proteomu eukaryot Počet genů u savců = 25 000–30 000 Všechny buňky mají stejnou genetickou výbavu 200-250 typů buněk, obsahujících 20 000 různých proteinů, z nichž okolo 6 000 je tkáňově specifických 2 000 běžných proteinů vyskytujících se ve všech buňkách (produkty asi 10 000 provozních genů) jednotlivé buněčné typy vytvářejí okolo 100 pro něj charakteristických bílkovin, které se nenacházejí v jiných buněčných typech Diferenciace = zapínání a vypínání různých genů Kombinace regulačních proteinů při diferenciaci buněk 3 regulační proteiny 8 buněčných typů Regulace genové exprese u eukaryot eukaryotické geny jsou přepisovány třemi různými RNApolymerázami (I, II a III) k zahájení transkripce je kromě RNA-polymerázy vyžadována účast většího počtu regulačních proteinů (transkripčních faktorů) většinou se jedná o pozitivní regulaci transkripce iniciaci transkripce ovlivňují též regulační proteiny navázané na zesilovače transkripce, které se nacházejí ve značných vzdálenostech od promotoru transkripce probíhá na DNA spojené s nukleozomy, které musí být ve fázi iniciace odstraněny ZNAČNÝ POČET GENŮ JE REGULOVÁN NA POSTTRANSKRIPČNÍ ÚROVNI 1. Bazální transkripce - za účasti bazálních TF, minimální úroveň transkripce 2. Konstitutivní transkripce - za účasti bazálních a konstitutivních TF, umožňujících odlišnou rychlost transkripce různých genů Obecné TF = bazální + konstitutivní provozní geny 3. Indukovaná transkripce - transkripce regulovaná indukovatelnými specifickými TF, jejichž aktivita je ovlivněna podněty z vnějšího prostředí. Specifické TF = buněčně a časově specifické regulační proteiny Transkripční aktivita eukaryotické buňky Podmínky pro zahájení transkripce u eukaryot Uvedení RNA-polymerázy do aktivního stavu vazba TF na promotor (za účasti aktivátorů a koaktivátorů, nezbytných pro vytvoření přediniciačního komplexu) vazba specifických (indukovatelných) TF na zesilovače transkripce (více TF na více RE) vzájemná interakce TF umožňující interakci promotoru a zesilovače transkripce aktivní stav RNA polymerázy Složky eukaryotického promotoru pro RNA-polymerázu II TBP - TATA binding protein TFIID Trojrozměrná struktura TBP navázaného na TATA-box Iniciační fáze transkripce u eukaryot - navázání RNA-polymerázy na promotor RNA-polymeráza je schopná zahájit syntézu RNA +TBP Zahájení transkripce RNA-polymerázou Fosforylace C-konce (CTD) RNA-polymerázy transkripčním faktorem TFIIH Uvolnění všech TFII vyjma TFIIH, zahájení transkripce Vytvoření iniciačního komplexu obsahujícího přes 20 polypeptidů Nastává ohyb DNA Vznik transkripčního iniciačního komplexu Fosforylace polymerázy, její uvolnění z komplexu a zahájení transkripce Iniciace transkripce RNA-polymerázou II TBP E P Vlastnosti zesilovače transkripce E P E E P Sekvenční motivy (RE), na něž se vážou regulační proteiny (transkripční faktory) E Struktura zesilovače transkripce viru SV40 Využití zesilovače v expresních vektorech Působení zesilovačů transkripce na velké vzdálenosti Na zesilovač se navážou transkripční faktory, dojde k ohybu DNA a kontaktu transkripčních faktorů s transkripčním aparátem Vzájemné interakce transkripčních faktorů Aktivační doména DNA-vazebná doména Hybridní proteiny: aktivační doména x DNA-vazebná doména 1. Zajišťují odpověď na podněty signalizující nezbytnost zapnutí jednoho nebo několika genů 2. Na rozdíl od většiny proteinů jsou schopné vstoupit do jádra 3. Rozpoznávají specifické sekvence na DNA a vážou se na ně 4. Vytvářejí kontakt s transkripčním aparátem, buď přímo nebo zprostředkovaně Základní rysy specifických transkripčních faktorů Schéma navození fyzikálního kontaktu promotoru se zesilovačem transkripce A1 A2 B DNA DNA zesilovačpromotor transkripční faktor transkripční faktor faktor indukující ohyb v DNA transkripce Vazebná místa transkripčních faktorů a jejich interakce promotor zesilovač transkripční faktor rozpoznávající (vazebné) místo pro jiný transkripční faktor rozpoznávající (vazebné) místo pro promotor rozpoznávající (vazebné) místo pro RE mění konformaci TFIID vázaného na promotor nebo Schéma přímé a nepřímé interakce aktivátoru transkripce s RNA-polymerázou II Přímá interakce aktivátoru transkripce s RNA-polymerázou II. aktivátor A TFIID TATA RNA- polymeráza II aktiační doména transkripce DNA Aktivátor zvyšuje stabilitu aktivačního komplexu Interakce aktivátoru transkripce s TFIID, který pak reaguje s RNA-polymerázou II. A TFIID TATA RNA- polymeráza II transkripce DNA Specifický TF Model aktivace genů na dálku Promotorová oblast Jeden z regulačních proteinů má rozhodující vliv na zapnutí genu nebo jeho vypnutí (např. receptor pro hormon) Interakce TF a vliv jejich kombinace na zahájení transkripce Působení aktivačních proteinů a mediátorového komplexu Mediátor = proteinový komplex (20 podjednotek) lokalizovaný na povrchu RNA polymerázy, kde zprostředkuje kontakt s regulačními proteiny (TF – aktivátory, represory) – tj. kombinuje signály Způsoby aktivace transkripčních faktorů fosforylace TF specifickými proteinkinázami vazba ligandu (signálu, např. hormonu) odstranění inhibitoru vazba TF na DNA, interakce TF s dalším TF indukce transkripce Specifická aktivace genů aktivace specifického TF v buňkách určité tkáně po působení signálu indukce tvorby specifického TF v určité tkáni po aktivaci jeho genu působením signálu Aktivní stav Enzymová katalýza fosforylace a defosforylace Neaktivní stav protein protein proteinkinázafosfoproteinfosfatáza ATP ADP OH HO OP Pan Způsoby aktivace transkripčních faktorů navozené indukčním agens Modifikace lyzinu nebo serinu N-terminálních úseků histonů P = fosforylace Ac = acetylace Me = metylace acetylace vede k rozvolnění komplexu DNA-histon S = serin K = lyzin Histony těsně vázané prostřednictvím svých N-konců Rozvolnění nukleozomů po acetylaci konce histonu H4 Acetylace konců histonů vede k rozvolnění nukleozomů = remodelace chromatinu Agregovaná forma Disagregovaná forma nukleozomů Heterochromatin Euchromatin Enzymy podílející se na acetylaci a deacetylaci histonů HAT = histone acetyl transferases = navozují acetylaci HDAC = histon deacetylases = navozují deacetylaci HAT působí jako koaktivátor transkripce korepresor navozující deacetylaci Koaktivátory a korepresory se na DNA nevážou přímo, ale prostřednictvím transkripčních faktorů vázaných na DNA Působení komplexů remodelujících chromatin: dva způsoby remodelování nukleozómů 1. Posunování („sliding“) nukleozomů - nukleozomy jsou posunuty, promotory se zpřístupní 2-6 proteinů 2. „Remodeling“ - nukleozomy jsou posunuty (dva se spojují), DNA je zpřístupněna transkripci 8-12 proteinů Navázání komplexu na TF na DNA 1. TF se váže na DNA 2. Na TF se váže histon-acetyltransferáza (HAT) 3. HAT acetyluje histony v blízkosti místa svého navázání a dochází k rozvolnění nukleozomové struktury 4. Komplexy remodelující chromatin posunují nebo remodelují nukleozomy a zpřístupňují sekvence DNA 5. Na DNA se vážou další TF 6. Na DNA se váže RNA-polymeráza 7. K iniciaci transkripce je nutný pozitivní signál: specifické TF vázající se na mediátorový komplex na promotoru Sled událostí vedoucích k aktivaci eukaryotického genu Ovlivnění rychlosti degradace mRNA regulačními proteiny Regulační systém CsrAB u E. coli (carbohydrate storage regulator) Nekódující molekula RNA (CsrB), na niž se vážou regulační proteiny (CsrA) – „dok“ („zásobárna“) Vazba CsrA urychluje rozklad glg mRNA, a tím brání její translaci (buď glg mRNA zpřístupní ribonukleázám, nebo zabrání její vazbě na ribozom, což má stejný efekt) Obsahuje geny pro syntézu glykogenu monitorování rovnováhy mezi hromaděním glykogenu a glykolýzou