10. Nukleové kyseliny



Složení nukleových kyselin



·        Dusíkaté báze – purinové, pyrimidinové

[·          ]Sacharid – ribosa, deoxyribosa[]

[·          ]H[3]PO[4]

[ ]

[ ]

[ ]

Báze


                             Nukleosid

Cukr
Nuleotid                     Polynukleotid

                             H[3]PO[4]

[ ]




Cukr:  Ribosa u RNA, 2-deoxyribosa u DNA















Báze:  Deriváty purinu a pyrimidinu

























U jednoho typu NA se vyskytují 4, 2 purinové a 2 pyrimidinové – alternují uracil (obsažen v DNA,
nikoli v RNA) a thymin (naopak). Mimoto se vyskytují sporadicky neobvyklé báze.



Vazba báze na sacharid je N-glykosidická


Vznikají (deoxy)nukleosidy – adenosin, guanosin, cytidin, uridin, thymidin – podle typu báze.
Výjimečně se lze setkat s jiným typem vazby – pseudouridin.


















Vazbou fosfátové skupiny na 5^’ –OH cukru (esterová vazba) vznikají (deoxy)nukleotidy –
(deoxy)adenosinmonofosfát – (d)AMP, (deoxy)guanosinmonofosfát – (d)GMP, (deoxy)cytidinmonofosfát –
(d)CMP, deoxythymidinmonofosfát – dTMP a uridinmonofosfát – UMP.

Jinými názvy nukleotidů jsou jejich pojmenování jako kyseliny – např. AMP = kys. adenylová,
adenylát.


Esterově vázaná fosfátová skupina může být substituována dalšími fosfátovými zbytky (anhydridová
vazba) a vznikají di- a trifosfáty, nejčastěji se setkáme s adenosintrifosfátem – ATP, dále jsou to
GTP, CTP, dTTP a UMP event. deoxyNuTP.

































































































Strukturní úrovně



Primární – sekvence


Sekundární



•Chragaffovy pravidla – poměr bazí v DNA

A+G=T+C    A=T  G=C     A+C=G+T


•Donohue – báze v tautomerních ketoformách


•Franklinová –RTG difrakční analýza

Watson, Crick (1953) – dvojšroubovice








Prostorový model DNA – pohled zboku (A) a shora (B)




























RNA



































































                                             Formy RNA

·        mRNA            – mediátorová, messenger,

                            - informační – 5-10 %

·

·        rRNA              – ribosomální – 80 %



·        tRNA              – transferová, přenosová – 10-15 %

                                   60 tRNA

































































tRNA – jetelový list



























rRNA















































Absorpční spektrum DNA




























„Denaturace DNA“

Sekvenace – metoda Maxam-Gilbertova


Modifikace bazí – DMS – puriny, hydrazinolýza pyrimidinů

Štěpení řetězce v místě této báze


G – DMS, piperidin

A+G – kys. mravenčí, piperidin

T+C – hydrazin, piperidin

T – hydrazin + NaCl, piperidin