Bioinformatika I
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Bioinformatika I
Info
Období
jaro 2009

Přednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Jaro 2009. Bude se scházet 2 h týdne (út 12:00-13:50, B011).

Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.

Klade si za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky). Předmět poskytne studentům informatiky a jiných nebiologických oborů nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači. Seznámí studenty s vybranými přístupy k řešení těchto problémů a upozorní na ty oblasti, kde náš pokrok nejvíce závisí na vhodných aplikacích informatiky. Pokročilejší studium vybraných algoritmů, práce s daty a navrhování vlastních výpočtů je náplní navazujících kurzů IV108 Bioinformatika II a IV110 Projekt z bioinformatiky. Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, součástí je kontrolní test uprostřed semestru, ukončen bude písemnou zkouškou.

 

 

Do diskusního fóra směřujte, prosím, dotazy a příspěvky, které jsou relevantní pro Vaše kolegy a týkají se nějakým způsobem kurzu. Pokud máte otázku ryze osobní, použijte e-mail.

ZMĚNY A NOVINKY

 

- Vypisal som v ISe skusobne terminy 19.5., 2.6, 16.6. a 30.6 (Ut 12:00 B011). Ak niekomu utorok vobec nevyhovuje, poslite mi, prosim, do konca semestra e-mail, pridam este piaty termin skusky.

- 28.4.2009. 14:00 D2 Dr. Calin A. Belta, Boston University "Scalable algorithms for analysis of gene and metabolic networks"

- V piatok má svoj sviatok DNA, na E-bay sa začína dražba možnosti nechať si osekvenovať svoj genóm (spomínate si na Personal Genomics?). Vyvolávacia cena USD 68000. Viď správa CNN na http://edition.cnn.com/2009/HEALTH/04/23/genome.ebay/index.html

- po prednaske 21.4. sa nasla v lavici modra bunda, visi na vesiaku v miestnosti

- do 21.4.2009 - opravný test. Přesný termín a místo budou určeny podle zájmu, přihlašte se e-mailem do 12.4. Pozor, získané body se krátí o 20% a přihlášením na test strácíte body získané na testu předcházejícím.

- 31.3.2009 píšeme semestrální test. Příjmení Kr-Z 12:00-12:55, A-Kq 13:00-13:55.

Oba testy budou mít stejný formát, polovina otázek s volbou, polovina s krátkou odpovědí. Náplní bude oblast pokryta přednáškami do 18.3. v rosahu informací v učebnici, s důrazem na problematiku zmíněnou v přednáškách, obsaženou v odpovědnících a materiálech spřístupněných v osnovách v ISu. Je potřeba orientovat se v terminologii molekulární biologie, ale i v základních principech (stavba a funkce informačních molekul, proteinů, struktura genu, techniky práce s DNA, práce se sekvencemi a data uložena v základních databázích a jejich využití).

V reakci na několik dotazů ohledně náhrady/opravy testu: případným zájemcům umožním absolvovat podobný test v dubnu, ale s tím, že získaný počet bodů bude snížen o 20% a do úvahy bude brán jenom posledně psaný test. Studentům, kteří měli vážné důvody k neúčasti (evidované studijním oddělením) samozřejmě umožním plnohodnotnou náhradu testu.

- 3.3.2009 (D2, 14:00)

Vazeni,
pozyvam vas na dnesne informaticke kolokvium na ktorom bude prednasat
Doc.ing. Petr Sosik PhD, Univerzita v Opave na temu
"DNA computing - Quo vadis"
Predaska bude v cestine
prof.gruska

Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
4
PDF
1
Studijní text
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 16. 2. 2009 do 22. 2. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
1
PDF
1
Video
1
Studijní text
2
Web
Učitel doporučuje studovat od 23. 2. 2009 do 1. 3. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
1
PDF
1
Studijní text
5
Web
Učitel doporučuje studovat od 2. 3. 2009 do 8. 3. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
2
PDF
1
Studijní text
1
Web
Učitel doporučuje studovat od 9. 3. 2009 do 15. 3. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
9
Web
Učitel doporučuje studovat od 16. 3. 2009 do 22. 3. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
2
PDF
1
Studijní text
5
Web
Učitel doporučuje studovat od 23. 3. 2009 do 29. 3. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
1
PDF
1
Studijní text
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 6. 4. 2009 do 12. 4. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
Odpovědník
2
PDF
1
Video
1
Studijní text
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 13. 4. 2009 do 19. 4. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
Další soubory
1
PDF
2
Video
1
Studijní text
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 20. 4. 2009 do 26. 4. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 27. 4. 2009 do 3. 5. 2009.
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 4. 5. 2009 do 10. 5. 2009.
Kapitola obsahuje:
3
Video
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 6. 5. 2007 do 12. 5. 2007.
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 13. 5. 2008 do 19. 5. 2008.
Kapitola obsahuje:
5
Složka
3
Web
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
3
Web
Předchozí