Osnova

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2007) Ut 8:00-8:50 B204, Ut 9:00-9:50 B116

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe C/Perl nebo C++/Python) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané algoritmy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

STUDIJNÍ MATERIÁL
1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

https://is.muni.cz/auth/el/1433/podzim2007/IV108/?fakulta=1433;obdobi=3724;kod=IV108

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences
(143-192 Sequence alignment)
RNA structure prediction

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

29-64 Sequence comparison methods

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

Určené pasáže ucebnice, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení
(kromě dobrovolných příkladů na body) a materiály označené hvězdičkou jsou
povinnými materiály ke zkoušce.