Bi0999 Molecular ecology

Faculty of Science
Spring 2007
Extent and Intensity
2/0. 3 credit(s). Type of Completion: k (colloquium).
Teacher(s)
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
Department of Botany and Zoology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
Timetable
Wed 10:00–11:50 BR1
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Molekulární ekologie je nedávno vzniklý obor, který se snaží řešit ekologické problémy molekulárními metodami. Přestože má takto vymezená disciplína zdánlivě nejasné hranice, tvoří řešená problematika překvapivě kompaktní celek. I přes svůj nedávný vznik prochází tato disciplína bouřlivým vývojem. Množství vědeckých článků věnujících se molekulární ekologii roste geometrickou řadou, existuje specializovaný velmi kvalitní časopis a koncem loňského roku vyšla dokonce první učebnice. Přednáška by měla seznámit studenty se základy této nauky.
Syllabus (in Czech)
  • 1. Co je a co není molekulární ekologie? Vymezení oboru, překryv s jinými obory, stručná historie 2. Hlavní používané terénní a laboratorní metody Sběr a uchování vzorků, metody zjišťování genetického polymorfismu u volně žijících živočichů (sekvence, mikrosatelity, alozymy, AFLP a další) 3. Evoluce mikrosatelitů, výhody sekvenačních dat a mikrosatelitů oproti dřívějším metodám Proč je tak moc alel? Mutační rychlost, typy mutací, opravné mechanismy, teoretické mutační modely 4. Identifikace kryptických druhů, hybridů a pohlaví pomocí molekulárních metod Fixovaný polymorfismus, CHD geny u ptáků, chromosom Y u savců 5. Určení otce, matky nebo obou dvou. Minimální počet rodičů vrhu nebo snůšky Klasický fingerprinting, mikrosatelity, spolehlivost analýzy, jednoduché vyloučení, categorical x fractional likelihood, přehled dostupných programů 6. Populační genetika: studium populační struktury, genetické diversity a inbreedingu Důsledky Hardy-Weinbergova pravidla, změny alelických frekvencí (mutace, migrace, selekce, velikost populace, genetický drift), Wahlundův princip, F-statistika, fixační indexy, AMOVA, koalescenční přístup, příklady s využitím dostupných programů 7. Fylogeografie: genetická historie rozšíření druhu Výhody mitochondriální DNA, refugia a kolonizační cesty 8. Hybridní zóny, využití molekulárních znaků ke studiu fitness u volně žijících živočichů Konstrukce kliny, selekce proti hybridům, rozdíly v chování různých částí genomu 9. Geny a jejich biologická funkce - příklady funkčních genů a jejich význam v ekologii Imunogenetika (variabilita a analýza MHC systému), geny a komunikace (MHC - výběr partnera, MUPs, ABP) 10. Ochranářská genetika Odhady Ne, bottleneck, fragmentace populací 11. Genetická historie člověka Africký versus multiregionální model, Gene Trees, genetická diversita v Africe, DNA neandrtálců, genetické vzdálenosti mezi populacemi Literatura: Berne, 2004: An itroduction to molecular ecology. Hartl & Clark, 1997: Principles of population genetics, third edition. Hartl, 1999: A primer on population genetics. Balding, Bishop & Cannings (eds.), 2003: Handbook of statistical genetics, second edition. Arnold, 1997: Natural hybridization and evolution. Avise, 2003: Phylogeography: the history and formation of species. Časopis Molecular Ecology
Language of instruction
Czech
Further comments (probably available only in Czech)
The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught once in two years.
Information on the per-term frequency of the course: liché roky.
The course is also listed under the following terms Spring 2008 - for the purpose of the accreditation, Spring 2011 - only for the accreditation, Spring 2005, Spring 2006, Spring 2008, Spring 2009, Spring 2010, Spring 2011, Spring 2012, spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, autumn 2017, Autumn 2018, Autumn 2019, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2022, Autumn 2023, Autumn 2024.
  • Enrolment Statistics (Spring 2007, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2007/Bi0999