Bi9041 Struktura a funkce eukaryotických chromozómů

Přírodovědecká fakulta
jaro 2003
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Předpoklady
znalost základů biochemie a molekulární biologie na úrovni
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Přednášky jsou zaměřeny na popis organizace eukaryotického genomu na jednotlivých úrovních s využitím poznatků získaných během sekvenačních projektů modelových genomů. Podrobně je pojednáno o struktuře chromatinu, jejích možných modifikacích a vztazích ke genové expresi. Pozornost je věnována rovněž specifické organizaci genetického materiálu ve spermiích. Po tomto přehledu následuje charakterizace nepostradatelných funkčních domén euk. chromosomů, tj. replikačních počátků, centromer a telomer. Poznatky uváděné v přednáškách jsou spojovány se stručným objasněním metod, jakými byly získány.
Osnova
  • Přednášky jsou zaměřeny na popis struktury eukaryotických chromozómů a jejích dynamických změn při základních procesech metabolizmu genetického materiálu - replikaci, transkripci a rekombinaci. Kromě vztahu k funkci genů bude kladen důraz na možné i prokázané funkce tzv. nekódujících sekvencí, které tvoří DNA komponenty nezbytných chromozomálních funkčních elementů - centromer a telomer. Přednášky budou doplněny semináři vědeckých pracovníků, PGS a zahraničních hostů pracoviště "Analýza biol. významných molek. komplexů" a ukázkami používaných metod. Osnova: 1. Chromozóm jako funkční jednotka genomu. Typy chromozómů z různých hledisek - prokaryotický a eukaryotický, mitochondriální, chloroplastový a jaderný, cirkulární a lineární. Charakterizace jednotlivých typů na základě nukleoproteinového složení a velikosti DNA. Příklady. 2. Lineární eukaryotické chromozómy jako typický případ strukturních jednotek jaderného eukaryotického genomu. Strukturní úrovně chromozómů - přehled. Metafázový a interfázový chromozóm. Chromatin. 3. Sbalování DNA do chromozómů (celkem 10000x). Kompaktizace DNA při tvorbě nukleoproteinových komplexů s histony (cca 6x). Nukleozóm, chromatozóm, dřeňová částice. Detailní trojrozměrná struktura dřeňové částice. Vazba histonu H1. Translační a rotační poloha nukleozómů na DNA, určující faktory. 4. Co se děje s nukleozómy při replikaci a transkripci? Mechanismy regulace genové exprese modifikací nukleozómové struktury. Příklady. Experimentální postupy k určení nukleozómové struktury. Počítačové predikce. Nenukleozómová DNA. 5. Další kompaktizace řetězce nukleozómů - solenoid 30 nm (asi 6x, celkem 36x) a alternativní struktury (cik-cak). Role konformace mezinukleozómového linkeru a vazby histonu H1. Asociace s nehistonovými proteiny, zejm. HMG (HMG-1,2; HMG-14,17; HMG-I,Y). Acetylace histonů a methylace DNA jakožto příklady epigenetických modifikací genetické informace. 6. Vyšší úroveň organizace chromatinu - smyčky (cca 50 kbp) stočeného 30 nm vlákna ukotvené k jadernému skeletu (další cca 25x kompaktizace, celkem již 1000x). Pojmy jaderný skelet, jaderná matrix, jaderné lešení - rozdíly a shody. Vazba chromatinového vlákna k těmto strukturám. Experimentálně zjištěné typy vazby: permanentní a transientní, kovalentní a nekovalentní. 7. Praktické způsoby izolace a charakterizace vazebných míst. Role topoizomerázy II v nukleoproteinových komplexech jadernému skeletu. Replikace a transkripce v "továrnách" ukotvených k jadernému skeletu. Regulace genové exprese na úrovni chromatinových smyček. 8. Růžice vznikající z šesti smyček chromatinu (cca 300 kbp) a "miniproužky"(2 Mb) - poslední mezistupně kompaktizace chromozómu. Heterochromatin a euchromatin z hlediska jednotlivých úrovní organizace genetického materiálu. Izochory. 9. Specializované chromozómové struktury - centromera a telomery. Jejich prokázané a předpokládané funkce. Jak se jeví tyto struktury v mikroskopu a jaké je jejich nukleoproteinové složení - obecně. 10. Detailní struktura telomery - typy telomerové DNA u různých organismů, asociované proteiny, telomeráza - specializovaná reverzní transkriptáza s vlastní templátovou RNA - nejběžnější způsob udržování telomer. Telomeráza jako cíl protinádorové terapie. Mechanismy udržování telomer nezávislé na telomeráze. 11. Centromera - praktický příklad "nekódujících" repetitivních sekvencí, které v interakci se specifickými proteiny kódují funkčně nepostradatelnou chromatinovou strukturu (pohled z hlediska již probraných zákonitostí architektury genomu. 12. Funkční chromozóm = centromera, telomery a replikační počátky? Metody mapování počátků replikace. Pokusy o vytvoření savčích arteficiálních chromozómů (MACs) a jejich perspektivní využití např. v genové terapii. 13. Rekombinace jako jeden z procesů metabolismu genetické informace. Typy rekombinačních procesů a jejich molekulární podstata. Využití rekombinace jako nástroje v genetice. 14. Přestavba chromatinu při spermatogenezi. Jak je dosaženo extrémní kompaktizace, aneb proteiny se mění, DNA zůstává. Co se děje s chromatinem po oplození vaječné buňky. Semináře k přednáškám s referáty o vlastních výsledcích pracovníků laboratoře ABVMK:
  • Uspořádání sekvencí DNA jejich chromatinu v subtelomerách modelových rostlin Nicotiana tabacum a Silene latifolia. (seminář k bodu 3, 4, 10) Eva Sýkorová,. Mirka Hulánová
  • Analýza methylačního stavu Pa promotoru bcr-abl genu na Ph' chromozómu u pacientů CML a modelových buněčných linií. (seminář k bodu 5) Lenka Fajkusová
  • Mapování smyčkových domén lidských chromozómů. (seminář k bodu 7) Jiří Fajkus
  • Studium lidských centromer a telomer pomocí technik in situ (seminář k bodům 9, 10, 11) Kateřina Krejčí
  • Vývojová regulace délky rostlinných telomer a aktivity telomerázy (seminář k bodu 10) Karel Říha, Jiří Fajkus
  • Charakterizace nukleoproteinových komplexů rostlinných telomer a telomerázy (seminář k bodu 9) Jana Fulnečková
  • Dynamika telomer u nádorových buněk a její využití v onkologické diagnostice (seminář k bodu 10) Jan Maláska, Lenka Fajkusová
  • Studium interakcí rekombinačních faktorů skupiny Rad52 v kvasinkách pomocí two-hybrid systému (seminář k bodu 13) Lumír Krejčí Předpokládaný časový rozsah cca 30 hod.
Literatura
  • T.A. Brown: GENOMES. Bios Scientific Publishers Ltd. 1999,Oxford.
  • C.R. Calladine, H.R. Drew: Understanding DNA.Second edition. Academic Press N.Y. 1997
Metody hodnocení
Přednášky a odborné semináře v českém nebo angl. jazyce Zkouška - test, návrh experimentu pro zjištění....(pís.), ústní
Navazující předměty
Informace učitele
Přednášky se budou konat na BFÚ AVČR, Královopolská 135. Podle počtu zájemců buď v klubovně nebo v aule BFU. Preferuji Po odpoledne, ale termín je možné dohodnout podle možností zájemců. e-mail: fajkus@ibp.cz, tel. 41517199
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.