PřF:Bi9410c Strukturní biologie - cvičení - Informace o předmětu
Bi9410c Strukturní biologie - cvičení
Přírodovědecká fakultapodzim 2022
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)
Mgr. Jana Horáčková (cvičící)
MUDr. Jan Mičan (cvičící) - Garance
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Čt 12:00–13:50 B09/316
- Předpoklady
- NOW( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie. - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 3/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24 - Cíle předmětu
- Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.
- Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů - Osnova
- 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
- 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
- 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
- 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
- 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
- 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
- 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
- 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
- Literatura
- Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
- Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
- Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
- Výukové metody
- samostatné cvičení v počítačové učebně
- Metody hodnocení
- písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.
- Informace učitele
- http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
- Statistika zápisu (podzim 2022, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2022/Bi9410c