C5855 Metody biofyzikální chemie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 13:00–14:50 C12/311
Předpoklady
předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti v tomto kurzu získají fyzikálně chemické základy biofyzikálních metod používaných v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod,
b) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi,
c) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce,
d) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří),
e) interpretovat nové trendy, taktiky a strategie biofyzikální chemie.
Osnova
  • 1. Experiment biofyzikální chemie (taktika a strategie volby metody, obecný postup řešení struktury a interakcí biomolekul)
  • 2. Transport v biologickém systému (difúze, osmóza, viskozita)
  • 3. Techniky studia transportu biomolekul (centrifugace, chromatografie, elektroforéza)
  • 4. Elektrický potenciál, energie a teplo (elektrofyziologie, hmotnostní spektrometrie, kalorimetrie)
  • 5. Rozptyl, refrakce, difrakce a interpretace jejich dat
  • 6. Elektronová a vibrační spektroskopie I (energetické stavy, UV- Vis, infračervená a Ramanova spektroskopie)
  • 7. Elektronová a vibrační spektroskopie II (fluorescence, FRET, fosforescence, chiroptická spectra, rentgenová spektroskopie)
  • 8. Magnetická rezonance (nukleární magnetická resonance - NMR a elektronová paramagnetická resonance - EPR)
  • 9. Mikroskopie (elektronová mikroskopie - SEM a TEM, mikroskopie atomárních sil - AFM)
  • 10. Metody studia jedné molekuly (manipulace, elektrické a optické vlastnosti biomolekuly)
  • 11. Elektrochemické metody a jejich využití v biosensorech (bioelektrochemie, nanoelektrochemie)
  • 12. Matematické a statistické zpracování dat (úvod do Fourierovských metod, multikomponentní analýza, umělé neuronové sítě).
Literatura
    povinná literatura
  • CAMPBELL, Iain D. Biophysical techniques. Oxford: Oxford University Press, 2012, ix, 353. ISBN 9780199642144. info
  • KODÍČEK, Milan a Vladimír KARPENKO. Biofysikální chemie. Vyd. 3., opr. a rozš. Praha: Academia, 2013, 423 s. ISBN 9788020022417. info
    doporučená literatura
  • ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub., 2008, xvi, 492. ISBN 9781405124362. info
  • CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company, 2001, xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. info
  • CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company, 1980, xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. info
  • CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company, 1999, xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. info
Výukové metody
přednášky, ppt prezentace, konzultace
Metody hodnocení
written test and oral exam
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2008, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2024.