E2050 Laboratorní cvičení z molekulární biologie a mikrobiologie

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
0/0/3. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno částečně online.
Vyučující
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA (přednášející)
Mgr. Petra Brenerová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavla Holochová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Natálie Mlčůchová (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
E2050/01: Po 19. 2. až Ne 26. 5. Čt 11:00–13:50 Kontaktujte učitele, P. Bořilová Linhartová, P. Brenerová, P. Holochová
E2050/02: Po 19. 2. až Ne 26. 5. Pá 11:00–13:50 Kontaktujte učitele, P. Bořilová Linhartová, P. Brenerová, P. Holochová
E2050/03: Po 19. 2. až Ne 26. 5. Út 8:00–10:50 Kontaktujte učitele, P. Bořilová Linhartová, P. Brenerová, P. Holochová
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je, aby studenti znali správné návyky práce v molekulárně biologické laboratoři a pochopili význam a princip jednotlivých základních úkonů při analýze humánních, mikrobiálních a environmentálních vzorků. Studenti by v předmětu měli získat znalosti o praktickém provedení základních metodik využívaných při molekulárně biologickém a mikrobiologickém výzkumu environmentálního zdraví člověka a jeho mikrobioty.
Výstupy z učení
Student/ka bude po absolvování předmětu znát, jak vést laboratorní deník a připravit protokol. Student/ka bude znát zásady bezpečnosti práce v molekulárně biologické laboratoři. Student/ka bude umět provést základní úkony v molekulárně biologické laboratoři dle standardního operačního protokolu. Student bude znát princip metod používaných k izolaci DNA a měření její kvality a kvantity, PCR s následnou gelovou elektroforézou nebo qPCR a základní metody sekvenování. Student/ka bude umět také provést základní práce v mikrobiologické laboratoři, jako je práce s miskami, Gramovo barvení a katalázového testu.
Osnova
  • Předmět obsahuje několik praktických úloh, ve kterých jsou zpracovávány a analyzovány humánní/environmentální vzorky. 1) Úvod do práce v molekulárně biologické laboratoři, bezpečnost práce, vedení laboratorního deníku/protokolů, odběr humánních/environmentálních a uskladnění vzorků, správný postup při designu experimentů. 2) Izolace lidské DNA fenol-chloroformovou metodou. 3) Izolace DNA z bukálního stěru pomocí kolonkové metody komerčně dostupným kitem. 4) Základní kontrolní metody při práci s DNA a porovnání výstupů z těchto měření. 5) Analýza mikrobiomu pomocí amplifikace oblasti v genu pro 16S nebo ITS rRNA metodou PCR. 6) Zhodnocení výsledku PCR pomocí gelové elektroforézy. 7) Mikrobiologické cvičení se zaměřením na základní mikrobiologické metody a monitoring. 8) Mikrobiologické cvičení – Gramovo barvení a katalázový test. 9) Stanovení bakteriální nálože ve vzorku pomocí qPCR. 10) Stanovení funkčních polymorfizmů v genu MTHFR pomocí qPCR. 11) Základní sekvenační metody. 12) Diskuze nad limitacemi analýz, hodnocení dat a jejich interpretací. Rozprava nad průběhem jednotlivých cvičení, kontrola protokolů a závěrečný test z otázek probraných v jednotlivých cvičení. Zápočet bude udělen při splnění docházky a správném vyplnění protokolů ze všech cvičení.
Literatura
  • Šmarda, J. a kol. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: MU, 2005. info
Výukové metody
Výuka probíhá formou praktického cvičení. Studenti provádějí laboratorní experimenty dle osnovy předmětu. Podklady a návody jsou pro studenty dostupné v IS.
Metody hodnocení
Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech laboratorních úloh a odevzdání protokolů vypracovaných dle zadání.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2022, jaro 2025.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2024/E2050