E4014 Projekt z Matematické biologie a biomedicíny - biomedicínská bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2025
Rozsah
0/3/0. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Ing. Vojtěch Bartoň (cvičící)
Mgr. Pavla Holochová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 10:00–12:50 D29/347-RCX2
Předpoklady
Nejsou, jedná se o základní kurz.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti během tohoto kurzu řeší ve dvou až čtyřčlenných skupinách zadané problémy z oblasti zpracování, analýzy a modelování dat pocházejících z molekulárně biologických experimentů. Kromě vyřešení problému samotného se studenti prakticky seznámí s principy týmové práce.
Výstupy z učení
Po absolvování kurzu bude student schopen:
- nastudovat problematiku, které se týká zadaná úloha;
- používat vybrané nástroje a metody pro řešení zadané úlohy;
- prezentovat stav řešení zadané úlohy;
- týmové spolupráce.
Osnova
  • 15.9. 10:30-12:30 Úvod, organizace, představení projektů Fakulta informatiky
  • 22.9. 10:30-12:30 Úvod do NGS Illumina a zpracování dat, nanopórové sekvenování, nextflow
    Univerzitní Kampus Bohunice, D29/RCX2
  • 29.9. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 6.10. 10:30-12:30 Checkpoint 1 - Prezentace projektů a plánů prací
  • Fakulta informatiky
  • 13.10 10:00-13:00 Recetox - cvičení (Ilumina), Univerzitní Kampus Bohunice, D29/RCX2
  • Samostudium - videopřednášky - analýza 16SrRNA dát
  • 20.10. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 27.10. 10:30-12:30 Checkpoint 2 - Meeting a prezentace průběžných výsledků - základní bioinformatické zpracování dat, kontrola kvality, odhad taxonomického složení
  • Fakulta informatiky
  • 3.11. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 10.11. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 17.11. státní svátek
  • 24.11. Checkpoint 3 - Meeting a prezentace průběžných výsledků - statistické analýzy a vizualizace
  • Univerzitní Kampus Bohunice, D29/RCX2
  • 1.12. Konzultace s mentorem (není setkání)
  • 8.12. Checkpoint 4 - Minikonference - finální prezentace projektů
  • Fakulta informatiky
  • 15.12. Konzultace s mentorem (dokončování projektů)
Literatura
Výukové metody
týmová práce, prezentace, konzultace, diskuze mezi týmy, samostudium Kurz bude učen dle harmonogramu výše. Protože jde o společný kurz s FI, část výuky bude na Univerzitním kampusu a část výuky na Fakultě informatiky.
Metody hodnocení
dvě průběžné prezentace, jedna závěrečná prezentace vyřešeného problému analýzy dat
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2025/E4014