PřF:FB810 Problémy molekulových simulací

FB810 Problémy molekulových simulací

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022

Předmět se v období podzim 2022 nevypisuje.

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno online.

Vyučující

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)

Garance

Předpoklady

C7790 Úvod do mol. mod.
časté používání molekulového modelování

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.

Cíle předmětu

Seznámit studenty s limity a omezeními výpočetních metod a matematických nástrojů implementovaných do programů pro molekulové modelování.

Osnova

1. Termostaty: Zachování ekvipartičního teorému (letící ledová kostka), Správnost termostatu (kanonický soubor), Oddělené termostaty pro různé částí systému, Stochastické termostaty a dynamika
2. Dalekodosahové interakce: Cut-off, Elektroneutralita systému, Dipól v boxu
3. Forcefield: Parametrizace proteinů, Různá mixovací pravidla, Polarizační katastrofa, Protein voda, Škálovaní nábojů
4. Externí pole: Pohyb nenabitých částic v el. poli

Literatura

Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications, Pearson, 2001
Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (Computational Science) 2nd Ed., Academic Press, 2001

Výukové metody

Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Prezentace a diskuze studovaného problému

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.