S2003 Methods in plant cytogenetics and cytogenomics II. - practical course

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
0/24. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
S2002 Methods plant cytogenetics 1
The completion of the basic course "Methods in plant cytogenetics and cytogenomics I. (S2002)" is a prerequisite for enrolling this advanced course.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Cíle předmětu
Students will get acquainted with preparation of extended DNA fibres (fibre FISH), immuno localization of modified histones, immuno-labeling of 5-methyl cytosine, and FISH to immuno preparations. Advanced methods of fluorescence microscopy and digital photomicrography will be practised.
Výstupy z učení
Student will be able to (i) prepare extended DNA fibres, (ii) prepare DNA probes, (iii) carry out fibre FISH, immuno-localization of modified histones, immuno-labeling of 5-methyl cytosine and FISH to immuno preparations, (iv) analyze preparations using fluorescence microscopy, (v) photograph chromosomes and cell nuclei, and finally (vi) analyze and process the acquired photographs.
Osnova
  • Annotation This advanced course follows Methods in plant cytogenetics I. Aim of the course is to make students familiar with the principles and applications of DNA-DNA fluorescence in situ hybridization (FISH) and immuno-localisation as tools for studying the chromatin and nuclear organization of higher plants. Students will get acquainted with preparation of extended DNA fibres (fibre FISH), immuno-localization of modified histones, immuno-labeling of 5-methyl cytosine, and FISH to immuno-preparations. Advanced methods of fluorescence microscopy and digital photomicrography will be practised. Syllabus Day 1 - introduction in theoretical and practical principles of nuclei isolation and DNA fibre FISH - nuclei isolation from leaves - nuclei extension and fibre FISH hybridization with probes corresponding to ribosomal DNA repeats Day 2 - introduction in multilayer detection of the fluorescence signals and immuno-localisation of modified histones and methylated DNA - fibre FISH multilayer detection - immuno-localisation of modified histones H3metK4 and H3metK9: PART I - immuno-labelling of 5-methyl cytosine on mitotic and meiotic chromosomes - fluorescence microscopy of fibre FISH and immuno-labelled methylcytosine Day 3 - immuno-localisation of modified histones H3metK4 and H3metK9: PART II - fluorescence microscopy of modified histones - advanced analysis using fluorescence microscopy, image capture - computer processing of microscope images (Adobe Photoshop) - conclusions
Literatura
    doporučená literatura
  • SCHWARZACHER, T. a HESLOP-HARRISON. Practical in situ hybridization. Bios, 2000. info
Výukové metody
Lectures followed by practical tasks in a cytogenetic laboratory.
Metody hodnocení
Colloquium. Successful completion is conditioned by a timely delivery of all required protocols and completion of the final interview.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012 - akreditace, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2023.