IV105 Seminář z bioinformatiky

Fakulta informatiky
podzim 2004
Rozsah
1/0/1. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. PhDr. Karel Pala, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 11:00–12:50 B411
Předpoklady
Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekávají alespoň základní znalosti programování, popřípadě schopnost se je v průběhu semestru naučit (není náplní předmětu). Schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce je výhodou. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky. K programování a řešení problémů budou moci používat libovolný programovací jazyk a prostředí (nejčastěji užívanými a preferovanými jsou Perl a C/C++ pod Unixem).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Nový předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře pro podzim 2004 je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, zápočet s 2kr získá každý student, který úspěšně odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolních testech. Dalsi kredit ziskaji studenti za uspesne odprezentovani sveho programu.
Osnova
  • V úvodu budou studenti zasvěceni do základů molekulární biologie potřebných k další práci, jakožto i do specifik práce s biologickými daty, jako jsou biologické sekvence a struktury proteinů. V další fázi studenti relativně samostatně (maximálně ve dvou) nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury dle vlastního výběru. V závěru semináře budou studenti pracovat na vlastních algoritmech a jejich prezentaci ve formě studentské mini-konference (poster a 10-minutova prezentace funkčního programu). V závěru první a druhé části kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test.
Metody hodnocení
Studenti relativně samostatně (maximálně ve dvou) nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury dle vlastního výběru. V závěru semináře budou studenti pracovat na vlastních algoritmech a jejich prezentaci ve formě studentské mini-konference (poster a 10-minutova prezentace funkčního programu). Po první a druhé části kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test.
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.