IV121 Vybrané aplikace informatiky v biologii

Fakulta informatiky
jaro 2021
Rozsah
2/1. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Bc. Vít Nováček, PhD (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Čt 14:00–16:50 Virtuální místnost
Předpoklady
Předmět nemá žádné specifické předpoklady, cílem je seznámit studenty a mladé vědce oborů živých věd s možnostmi aplikací informatiky.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět si klade za cíl přemostit vybrané teoretické problémy z oblasti informatiky s praktickými potřebami biologů, zejména v oblasti genetiky, molekularni biologie, genomiky, proteomiky, bioinformatiky a systémové biologie. Cílem je oslovit studenty přírodních věd a přiblížit jim teoretické pozadí vybraných aplikací informatiky a výpočetní techniky v biologii.
Absolvováním kurzu bude student schopen:
porozumět významu informatiky pro biologii a biomedicínské obory;
vytvořit si ucelený přehled relevantních nástrojů a technik aplikované informatiky;
základní znalost každého z probíraných nástrojů (schopnost spustit a mít ponětí o základních funkcích).
Výstupy z učení
Absolvováním kurzu bude student schopen:
definovat význam informatiky pro biologii a biomedicínské obory;
přiřadit relevantní nástroje a techniky aplikované informatiky k vybraným problémům v biologii;
použít na základní úrovni vybrané nástroje na analýzu jednoduchých učebnicových modelů.
Osnova
  • 1. Úvod do bioinformatiky a systémové biologie
  • 2. Kvalitativní modely a jejich analýza
  • 3. Kvantitativní modely a jejich analýza
  • 4. Reprezentace informace prostřednictvím sítí
  • 5. Ziskání dat z literatury
  • 6. Integrace dat
  • 7. Aplikace metod umělé inteligence a strojového učení
  • 8. 3D geometrie, CSG
Literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
Výukové metody
Výuka je členěna do několika tematických bloků, ve kterých proběhne přednáška přibližující teoretická východiska v dané oblasti a cvičení seznamující studenty s postupy přímo využitelnými ve vědeckě či jiné praxi. Jednotlivá cvičení budou založena na práci s 1-2 výpočetními nástroji.
Metody hodnocení
Předmět je zakončen zkouškou, alternativně kolokviem (závěrečný písemný test znalostí na přehledové úrovni).
Informace učitele
Po dohodě s přednášejícími lze absolvovat posluchačem zvolené tematické bloky.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2018.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2021/IV121