Informace o předmětu

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 16:00–16:50 A319

Předpoklady

Od zájemců se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, případně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice (hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak). U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti bioinformatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou účasti na přednáškách externých hostů a studia vhodných vědeckých článků samotnými studenty.

Výstupy z učení

Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní studii (z navržených článků nebo po konzultaci) z oblasti
• Metody sekvenace DNA nanoporovým sekvenováním
• Nástroje a algoritmy pro zpracování dlouhých sekvencí a sekvencí z nanopórového sekvenování
• Genomické a biologické studie postaveny na sekvenování nanopórem

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze; přednášky zvaných odborníků

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu; písemný souhrn obsahu přednášky

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals covering bioinformatics (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 16:00–16:50 A319

Předpoklady

Od zájemců se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, případně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice (hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak). U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti bioinformatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou účasti na přednáškách externých hostů a studia vhodných vědeckých článků samotnými studenty.

Výstupy z učení

Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní studii (z navržených článků nebo po konzultaci) z oblasti
• Metody sekvenace DNA nanoporovým sekvenováním
• Nástroje a algoritmy pro zpracování dlouhých sekvencí a sekvencí z nanopórového sekvenování
• Genomické a biologické studie postaveny na sekvenování nanopórem

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze; přednášky zvaných odborníků

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu; písemný souhrn obsahu přednášky

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals covering bioinformatics (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.

Vyučující

Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

St 15. 9. až St 8. 12. St 16:00–16:50 A319

Předpoklady

Od zájemců se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, případně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice (hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak). U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti bioinformatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou účasti na přednáškách externých hostů a studia vhodných vědeckých článků samotnými studenty.

Výstupy z učení

Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní studii (z navržených článků nebo po konzultaci) z oblasti
• Metody sekvenace DNA nanoporovým sekvenováním
• Nástroje a algoritmy pro zpracování dlouhých sekvencí a sekvencí z nanopórového sekvenování
• Genomické a biologické studie postaveny na sekvenování nanopórem

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze; přednášky zvaných odborníků

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu; písemný souhrn obsahu přednášky

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals covering bioinformatics (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno online.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Čt 11:00–11:50 C416

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".

Výstupy z učení

Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 9:00–9:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 85 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".

Výstupy z učení

Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 17. 9. až Po 10. 12. Po 15:00–15:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 8:00–9:50 C416

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 12:00–13:50 C525

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Čt 18:00–19:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 48 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Pá 12:00–13:50 C511

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

IV105/01: Po 14:00–14:50 B411, M. Lexa

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 8:00–8:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce, přpadně nastudovat použití specializovaných programů a výpočetních nástrojů v bioinformatice. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Po 9:00–9:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 17:00–17:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 45 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 17:00–17:50 B410

Předpoklady

Od zájemců o tento mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 45 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence".
Studenti získají přehled o vědeckých problémech v oblasti bioinformatiky; zdokonalí se ve vystupování před publikem a vedení diskuze.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).
• Předpovídání struktury a funkce proteinů ze sekvence
• Hodnocení podobnosti molekul
• Analýza a vizualizace signálních a metabolických sítí

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

Studentská prezentace nastudovaného materiálu

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Students select specific papers for each cycle of the seminar at the beginning of the semester. The papers typically come from scientific journals (Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Nucleic Acids Research) or conference proceedings (RECOMB, ISCB, ECCB).

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 16:00–16:50 B204

Předpoklady

Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů formou studia vhodných vědeckých článků s novými metodami a interpretacemi. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který úspěšně odprezentuje nastudovanou metodu.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).

Literatura

• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Metody hodnocení

Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Kolokvium absolvuje každý student, který úspěšně odprezentuje nastudovanou metodu.

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 17:00–17:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).

Metody hodnocení

Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 9:00–9:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).

Metody hodnocení

Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 11:00–11:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětu IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).

Metody hodnocení

Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Rozsah

1/0/1. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. PhDr. Karel Pala, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B411

Předpoklady

Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekávají alespoň základní znalosti programování, popřípadě schopnost se je v průběhu semestru naučit (není náplní předmětu). Schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce je výhodou. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky. K programování a řešení problémů budou moci používat libovolný programovací jazyk a prostředí (nejčastěji užívanými a preferovanými jsou Perl a C/C++ pod Unixem).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Nový předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře pro podzim 2004 je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, zápočet s 2kr získá každý student, který úspěšně odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolních testech. Dalsi kredit ziskaji studenti za uspesne odprezentovani sveho programu.

Osnova

• V úvodu budou studenti zasvěceni do základů molekulární biologie potřebných k další práci, jakožto i do specifik práce s biologickými daty, jako jsou biologické sekvence a struktury proteinů. V další fázi studenti relativně samostatně (maximálně ve dvou) nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury dle vlastního výběru. V závěru semináře budou studenti pracovat na vlastních algoritmech a jejich prezentaci ve formě studentské mini-konference (poster a 10-minutova prezentace funkčního programu). V závěru první a druhé části kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test.

Metody hodnocení

Studenti relativně samostatně (maximálně ve dvou) nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury dle vlastního výběru. V závěru semináře budou studenti pracovat na vlastních algoritmech a jejich prezentaci ve formě studentské mini-konference (poster a 10-minutova prezentace funkčního programu). Po první a druhé části kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test.

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

IV105 Seminář z bioinformatiky

Předmět se v období jaro 2005 nevypisuje.

Rozsah

0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. PhDr. Karel Pala, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Předpoklady

Od zájemců o tento silně mezioborový kurz se očekáva schopnost přečíst odborný článek nebo kapitolu knihy v anglickém jazyce. Hlubší znalosti konstrukce algoritmů a programování pomohou studentům soustředit se na biologickou stránku prezentované látky nebo naopak. U studentů nebiologických oborů se vyžaduje paralelni navštěvování nebo předcházející absolvování předmětů IV107 - Bioinformatika I nebo souhlas učitele.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 18 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. Společným tématem semináře P pro podzim je "Předpovídání funkce a struktury proteinů ze sekvence". Kurz se bude konat jednou týdně po 1 hodině, kolokvium získá každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Osnova

• Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů dle vlastního výběru (z navržených článků nebo po konzultaci).

Metody hodnocení

Studenti samostatně nastudují a prezentují svým kolegům konkrétní metodu pro předpovídání funkce nebo struktury proteinů. Na konci kurzu absolvují studenti krátký kontrolní test. Kolokvium absolvuje každý student, který odprezentuje nastudovanou metodu a získá nejméně 50% bodů na kontrolním testu.

Navazující předměty

• IV106 Bioinformatics seminar
• IV108 Bioinformatika II

Informace učitele

http://www.fi.muni.cz/~lexa/

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)