IV121 Vybrané aplikace informatiky v biologii

Fakulta informatiky
jaro 2021
Rozsah
2/1. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno online.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Bc. Vít Nováček, PhD (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Čt 14:00–16:50 Virtuální místnost
Předpoklady
Předmět nemá žádné specifické předpoklady, cílem je seznámit studenty a mladé vědce oborů živých věd s možnostmi aplikací informatiky.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 38 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět si klade za cíl přemostit vybrané teoretické problémy z oblasti informatiky s praktickými potřebami biologů, zejména v oblasti genetiky, molekularni biologie, genomiky, proteomiky, bioinformatiky a systémové biologie. Cílem je oslovit studenty přírodních věd a přiblížit jim teoretické pozadí vybraných aplikací informatiky a výpočetní techniky v biologii.
Absolvováním kurzu bude student schopen:
porozumět významu informatiky pro biologii a biomedicínské obory;
vytvořit si ucelený přehled relevantních nástrojů a technik aplikované informatiky;
základní znalost každého z probíraných nástrojů (schopnost spustit a mít ponětí o základních funkcích).
Výstupy z učení
Absolvováním kurzu bude student schopen:
definovat význam informatiky pro biologii a biomedicínské obory;
přiřadit relevantní nástroje a techniky aplikované informatiky k vybraným problémům v biologii;
použít na základní úrovni vybrané nástroje na analýzu jednoduchých učebnicových modelů.
Osnova
  • 1. Úvod do bioinformatiky a systémové biologie
  • 2. Kvalitativní modely a jejich analýza
  • 3. Kvantitativní modely a jejich analýza
  • 4. Reprezentace informace prostřednictvím sítí
  • 5. Ziskání dat z literatury
  • 6. Integrace dat
  • 7. Aplikace metod umělé inteligence a strojového učení
  • 8. 3D geometrie, CSG
Literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch. xix, 465. ISBN 3527310789. 2005. info
Výukové metody
Výuka je členěna do několika tematických bloků, ve kterých proběhne přednáška přibližující teoretická východiska v dané oblasti a cvičení seznamující studenty s postupy přímo využitelnými ve vědeckě či jiné praxi. Jednotlivá cvičení budou založena na práci s 1-2 výpočetními nástroji.
Metody hodnocení
Předmět je zakončen zkouškou, alternativně kolokviem (závěrečný písemný test znalostí na přehledové úrovni).
Informace učitele
Po dohodě s přednášejícími lze absolvovat posluchačem zvolené tematické bloky.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2018.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2021/IV121