PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Fakulta informatiky
jaro 2024
Rozsah
1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno prezenčně.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Bc. Vít Nováček, PhD (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 10:00–11:50 A215
Předpoklady
Bude předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika a systémová biologie. Předchozí absolvování předmětů IV107, PA052 a PB050 je vítáno, nikoliv však formálně požadováno.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 61 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
Výstupy z učení
Po absolvování bude student schopen:
- vybrat pro daný problém vhodnou výpočetní metodu;
- analyzovat vybrané typy experimentálních dat;
- aplikovat softwarové nástroje na vybrané problémy zpracování dat;
- vytvářet a modifikovat kvalitativní model biologické sítě.
Osnova
  • Kurz bude rozdělen do dvou částí, v každé se budou studenti věnovat 1-2 oblastem:
  • Bioinformatika: operace na genomech, používání Markovových modelů.
  • Systémová biologie: statická analýza biologických sítí, rekonstrukce sítí genových interakcí, integrace dat; nástroje Cytoscape, Genomica, ARACNE, MAVisto.
  • U všech probíraných technik se studenti seznámí s relevantními nástroji formou praktických cvičení.
Literatura
    doporučená literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Online. Weinheim: Wiley-Vch, 2005. xix, 465. ISBN 3527310789. [citováno 2024-04-23] info
    neurčeno
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. Online. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 9780815340249. [citováno 2024-04-23] info
  • Systems biology : principles, methods, and concepts. Online. Edited by Andrzej K. Konopka. Boca Raton: CRC Press, 2007. 244 s. ISBN 9780824725204. [citováno 2024-04-23] info
  • WILKINSON, Darren James. Stochastic modelling for systems biology. Online. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC, 2006. 254 s. ISBN 1584885408. [citováno 2024-04-23] info
  • Computational modeling of genetic and biochemical networks. Online. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001. xx, 336. ISBN 0262524236. [citováno 2024-04-23] info
Výukové metody
kombinace přednášek a cvičení
Metody hodnocení
Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2024/PB051