VSAG021 Moderní technologie pro analýzu genomu

Lékařská fakulta
podzim 2020
Rozsah
1/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D. (přednášející)
prof. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D. (přednášející)
MVDr. Boris Tichý, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.
Interní hematologická a onkologická klinika – Společná pracoviště s Fakultní nemocnicí Brno - pracoviště Nemocnice Bohunice a Porodnice – Lékařská fakulta
Dodavatelské pracoviště: Interní hematologická a onkologická klinika – Společná pracoviště s Fakultní nemocnicí Brno - pracoviště Nemocnice Bohunice a Porodnice – Lékařská fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 1/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen se orientovat v moderních molekulárně-biologických metodách a vysvětlit principy sekvenování nové generace.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen: - aplikovat metodu CRISPR ve svém výzkumu - popsat princip sekvenování nové generace - navrhnout experiment s využitím sekvenování nové generace - analyzovat data získaná sekvenováním nové generace
Osnova
  • 1. CRISPR technologie - principy a využití 2. Sekvenování nové generace (NGS) – technologické aspekty různých NGS platforem 3. Příprava knihoven pro sekvenování nové generace 4. Metody pro analýzu nekódujících RNA – miRNA, lncRNA, příklady využití v onkologii 5. Analýza dat – bioinformatické přístupy a statistické metody hodnocení 6. Aplikace - Využití čipových a NGS technologií, design experimentů
Literatura
  • Koubková L, Vojtěšek B, Vyzula R. Next generation sequencing -  application in clinical practice. Klin Onkol. 2014;27 Suppl 1:S61-8.
Výukové metody
Teoretická příprava.
Metody hodnocení
písemný test
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.