B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice

Přírodovědecká fakulta
podzim 2001
Rozsah
0/3/0. 4 kr. Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Předpoklady
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. B4020, B4030, B3120 nebo B7940).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).
Osnova
  • Práce v prostředí MS Windows2000. Textové editory - MS Word. Tabulkové procesory - MS Excel. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Analýza sekvencí a vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí (Blast, ClustalW). Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).
Literatura
  • Viz webová stránka předmětu.
  • Bioinformatics : methods and protocols. Online. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000. xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. [citováno 2024-04-23] info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. Online. 1st pub. Essex: Longman, 1999. xx, 218. ISBN 0582327881. [citováno 2024-04-23] info
  • Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Online. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998. xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. [citováno 2024-04-23] info
Metody hodnocení
Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/
mailto:pantucek@sci.muni.cz
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 1999, podzim 2000.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2001/B5000