B7540 Data analysis in community ecology

Faculty of Science
Autumn 2001
Extent and Intensity
0/2/0. 3 credit(s). Type of Completion: graded credit.
Teacher(s)
prof. RNDr. Milan Chytrý, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
prof. RNDr. Milan Chytrý, Ph.D.
Department of Botany and Zoology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. RNDr. Milan Chytrý, Ph.D.
Prerequisites (in Czech)
B5040 Biostatistics
Pro dobré porozumění probírané látce je vhodné absolvovat předmět B5040 Biostatistika. Užitečné, nikoliv ale nezbytné, je dřívější absolvování předmětu B6549 Metody fytocenologie.
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Course objectives
The course deals with basic methods of statistical analysis of the data on species composition of plant and animal communities, irrespective of their taxonomical delimitation. The focus is on numerical classification and ordination methods and analysis of the relationships between species composition and environmental factors. The course includes training in using standard software packages such as PC-ORD, SYN-TAX, CANOCO, SPSS, and some others.
Syllabus (in Czech)
  • 1. Úvod k metodám ekologie společenstev. 2. Sběr dat v terénu: rozmístění sběrných míst, velikost a tvar ploch, velikost vzorku. 3. Sledované kvantitativní znaky: frekvence, denzita, pokryvnost, bazální plocha, biomasa; typy kvantitativních dat. 4. Měření diverzity: indexy diverzity a ekvitability. 5. Úprava dat pro numerické zpracování: redukce, transformace, standardizace. 6. Koeficienty podobnosti vzorků 7. Numerická klasifikace: aglomerativní metody a shlukovací algoritmy, divizivní monotetická klasifikace a TWINSPAN. Demonstrace klasifikačních metod v programech PC-ORD a SYN-TAX. 8. Teorie gradientové analýzy: lineární a unimodální model, přímá a nepřímá gradientová analýza, faktory prostředí. 9. Regresní modely: lineární regrese, vážené průměrování, mnohonásobná regrese. Demonstrace regresních metod v programu SPSS. 10. Kalibrace, bioindikace a indikační hodnoty druhů. 11. Ordinace: analýza hlavních komponent (PCA), korespondenční analýza (CA) a detrendovaná korespondenční analýza (DCA). Demonstrace ordinačních metod v programu CANOCO. 12. Ordinace s omezením: redundanční analýza (RDA) a kanonická korespondenční analýza (CCA), testování významnosti faktorů prostředí. Demonstrace těchto metod v programu CANOCO. 13. Úprava a analýza ordinačních diagramů v programu CANODRAW. 14. Hodnocení ekologických pokusů, srovnávacích studií společenstev a změn společenstev v čase pomocí ordinace s omezením. Rozbor případových studií.
Literature
  • LEPŠ, Jan and Petr ŠMILAUER. Multivariantní analýza ekologických dat. 2001. info
  • HERBEN, Tomáš and Zuzana MÜNZBERGOVÁ. Zpracování geobotanických dat v příkladech. Část I. Data o druhovém složení. http://www.natur.cuni.cz/~botanika/, 2001. info
Assessment methods (in Czech)
Ve výuce je vysvětlována teorie a předváděny počítačové programy. K zápočtu student zpracovává soubor dat, buď svých vlastních nebo dat od učitele, pomocí probíraných klasifikačních a ordinačních metod. Zpracované analýzy předkládá ve formě krátké zprávy v angličtině. K zápočtu je rovněž požadována teorie v pozadí jednotlivých metod.
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
Teacher's information
http://www.sci.muni.cz/botany/chytry/zpradat/index.htm
The course is also listed under the following terms Autumn 1999, Autumn 2000.
  • Enrolment Statistics (recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2001/B7540