PřF:Bi8312 Prakt. z mol. biol. virů - Informace o předmětu

Bi8312 Praktikum z molekulární biologie virů

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Tibor Botka, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)

Garance

doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh seminárních/paralelních skupin

Bi8312/B1: Po 14. 6. 8:00–12:00 E25/119, Út 15. 6. 8:00–12:00 E25/119, St 16. 6. 8:00–12:00 E25/119, Čt 17. 6. 8:00–12:00 E25/119
Bi8312/B2: Po 21. 6. 8:00–12:00 E25/119, Út 22. 6. 8:00–12:00 E25/119, St 23. 6. 8:00–12:00 E25/119, Čt 24. 6. 8:00–12:00 E25/119

Předpoklady

Bi6400 Metody molekulární biologie
1. Základní metody molekulární biologie; 2. Molekulární biologie DNA a RNA virů; 3. Životní cyklus a reprodukce genomů bakteriálních virů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 15 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/15, pouze zareg.: 0/15
Jiné omezení: Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-MBG)

Cíle předmětu

Předmět zahrnuje techniky přípravy a kultivace bakteriálních virů: Přípravy fágového lyzátu; Stanovení titru virionů; Stanovení jednostupňové růstové křivky a fágového výnosu pomocí kvantitativní PCR; Stanovení mutačního indexu; Indukce profága mitomycinem C; Izolace spontánních mutant kayvirů na rezistentních kmenech Staphylococcus aureus; komparativní analýza změn ve virovém genomu pomocí PCR, sekvenování a bioinformatické analýzy; Purifikace a zakoncentrování virových částic. Po absolvování tohoto kurzu student získá ucelenou představu o průběhu experimentů, od získání vstupního materiálu až po analýzu a interpretaci získaných experimentálních dat.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
• izolovat virové částice a DNA v dostatečné kvalitě a množství
• analyzovat izolovaný genetický materiál molekulárně biologickými metodami, jako je PCR, qPCR, ELFO, sekvenace DNA, a také pomocí bioinformatických nástrojů
• izolovat a vytvořit lyzát spontánní virové mutanty schopné lyzovat dosud rezistentní bakteriální kmen
• pozorovat a porovnat růstové vlastnosti bakteriálního viru
• pozorovat a porovnat růstové vlastnosti lyzogenního kmene v závislosti na typu profága a použitém režimu jeho indukce
• využít teoretické znalosti dalších metod a principů v následné laboratorní praxi

Osnova

• 1. Izolace spontánních mutant bakteriálních virů, stanovení frekvence mutace a sekvenční analýza 2. Stanovení citlivosti kmenů Staphylococcus aureus k mutantám polyvalentního kayviru 3. Jednostupňová růstová křivka a adsorpční křivka stafylokokového viru 812 a jeho mutant, stanovení fágového výnosu pomocí qPCR 4. Pozorování růstových vlastností lyzogenních bakterií s využitím spektrofotometru, indukce mitomycinem C a izolace rezidentních bakteriálních virů 5. Purifikace virových částic různými ultrafiltračními technikami

Literatura

• Návody k cvičení jsou u vyučující
• Virology methods manual. Edited by B. W. J. Mahy - Hillar O. Kangro. London: Academic Press, 1996, x, 374. ISBN 0124653308. info
• SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info
• ROSYPAL, Stanislav. Obecná bakteriologie. 1. vyd. Praha: Státní pedagogické nakladatelství, 1981, 749 s. info

Výukové metody

Výuka probíhá formou blokového cvičení. Studenti provádějí laboratorní experimenty v jednotlivých úlohách, seřazených dle osnovy předmětu. Podklady a návody jsou pro studenty vyvěšeny ve studijních materiálech na Isu.

Metody hodnocení

Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech laboratorních úloh, zápočtového testu a odevzdání všech protokolů.

Informace učitele

Studenti by měli svojí účastí zvládnout zadané úlohy. Průběžně je hodnocena praktická dovednost posluchačů, schopnost vyhodnotit výsledky zdůvodnit případné negativní výsledky, vypracovat protokoly z provedených úkolů a absolvovat závěrečný test.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/Bi8312