Bi8360 Molekulární diagnostika mikroorganismů

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (přednášející)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
( Bi4020 Molekulární biologie || Bi4010 Základy molekulární biologie ) && ( Bi2050 Základy obecné mikrobiologie || Bi2060 Základy mikrobiologie || Bi4090 Obecná mikrobiologie )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20
Mateřské obory/plány
Osnova
  • 1. Struktura genomu jednotlivých skupin mikroorganismů (bakterie, viry, houby). Typy polymorfizmů v genomech. 2. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii mikroorganismů. Přímé a nepřímé diagnostické metody. 3. Identifikace bakterií v klinické mikrobiologii. Využití 16S rRNA a ortologních genů. Chemotaxonomické metody. Metody využívající MALDI-MS. 4. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- molekulární techniky bez amplifikace DNA. Genomové typizační techniky. Pulzní gelová elektroforéza. Analýza mobilních genetických elementů. 5. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- typizace založená na PCR. PCR-typizační techniky založené na náhodných sekvencích, heterogenitě mezi restrikčními místy, roztroušených repetitivních elementech a variabilitě tandemových repeticí. 6. Přímé metody pro typizaci kmenů. Jednolokusová a multilokusová sekvenční typizace. 7. Analýza podobnosti a příbuznosti v molekulární epidemiologii. Metody klasifikace a shlukové analýzy. Analýza rozlišovací schopnosti a reprodukovatelnosti. Počítačová analýza příbuznosti patogenních mikroorganismů. 8. Diagnostické aplikace pro detekci a charakterizaci významných bakteriálních patogenů (Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Helicobacter pylori, Staphylococcus aureus) a houbových patogenů. 9. Molekulární epidemiologie infekcí spojených s nemocniční péčí. Gram-negativní bakteriální infekce. Gram-pozitivní bakteriální infekce. 10. Molekulární přístupy pro analýzu antibiotické rezistence. 11. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii nejvýznamnějších virů (DNA-virů bakterií, herpesvirů, adenovirů, RNA-virů, Levivirů, Lentivirů). 12. Diagnostika a genotypizační metody analýzy genomu DNA a RNA virů (RFLP, SSCP,PCR-RFLP analýza, sekvencování genomu, metody HMA a HTA). Molekulární analýza segmentovaných genomů RNA virů. 13. Genetika hostitele a farmakogenomika. Aplikace technologie microarrays. 14. Laboratorní standardizace, správná laboratorní práce, standardy pro kvalitu kontroly a monitorování. Vybavení molekulárně mikrobiologické laboratoře.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.