Informace o předmětu

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučováno částečně online.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)
Mgr. Jana Horáčková (cvičící)
MUDr. Jan Mičan (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučováno částečně online.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)
Mgr. Jana Horáčková (cvičící)
MUDr. Jan Mičan (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16:00–17:50 B11/333

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 7/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučováno částečně online.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)
Mgr. Jana Horáčková (cvičící)
MUDr. Jan Mičan (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 12:00–13:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 3/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučováno částečně online.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 12:00–13:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 1/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučováno částečně online.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 12:00–13:50 prace doma

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 12:00–13:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Čt 12:00–13:50 D29/347-RCX2

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lukáš Daniel, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Čt 13:00–14:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Lukáš Daniel, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Čt 13:00–14:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Lukáš Daniel, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 10:00–11:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Lukáš Daniel, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 18:00–19:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16. 9. až Pá 6. 12. St 15:00–16:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět již není vypisován.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 14:00–15:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.

Cíle předmětu

Studenti si osvojí práci s volně dostupnými webovými nástroji, programy a databázemi pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný test

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět již není vypisován.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Předmět se v období podzim 2011 nevypisuje.

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.

Předpoklady

! Bi6901 Structural Biology - practice

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.

Cíle předmětu

Studenti si osvojí práci s volně dostupnými webovými nástroji, programy a databázemi pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný test

Další komentáře

Předmět již není vypisován.
Výuka probíhá každý týden.

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.

Předpoklady

! Bi6901 Structural Biology - practice

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.

Cíle předmětu

Cílem cvičení je osvojit si praktické využití volně dostupných webových serverů, programů a databází ke studiu struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, strukturní databáze PDB, PDBsum, EDS, NDB.
• 3. Vizualizace struktur – možnosti zobrazení, dostupné programy.
• 4. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 5. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 6. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 7. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 8. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 10. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 11. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 12. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný test

Další komentáře

Předmět již není vypisován.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (podzim 2024, nejnovější)