PřF:Bi9410c Strukturní biologie - cvičení - Informace o předmětu

Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.

Vyučující

doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lukáš Daniel, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Čt 13:00–14:50 B09/316

Předpoklady

NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů

Osnova

• 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
• 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
• 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
• 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
• 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
• 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
• 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
• 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
• 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.

Literatura

• Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
• Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
• Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008

Výukové metody

samostatné cvičení v počítačové učebně

Metody hodnocení

písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (podzim 2017, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2017/Bi9410c