C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2024
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 19. 2. až Ne 26. 5. Út 15:00–15:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, B-BIC)
- Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- Řešení problémově orientovaných úkolů. Diskuse o vhodnosti jednotlivých řešení a bioinformatických přístupů. Samostatná práce.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2025
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, B-BIC)
- Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- Řešení problémově orientovaných úkolů. Diskuse o vhodnosti jednotlivých řešení a bioinformatických přístupů. Samostatná práce.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2023
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 15:00–15:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, B-BIC)
- Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- Řešení problémově orientovaných úkolů. Diskuse o vhodnosti jednotlivých řešení a bioinformatických přístupů. Samostatná práce.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2022
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 16:00–16:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, B-BIC)
- Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- Řešení problémově orientovaných úkolů. Diskuse o vhodnosti jednotlivých řešení a bioinformatických přístupů. Samostatná práce.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2021
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 1. 3. až Pá 14. 5. Út 15:00–15:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, B-BIC)
- Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- Řešení problémově orientovaných úkolů. Diskuse o vhodnosti jednotlivých řešení a bioinformatických přístupů. Samostatná práce.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2020
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 16:00–16:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, B-BIC)
- Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- Řešení problémově orientovaných úkolů. Diskuse o vhodnosti jednotlivých řešení a bioinformatických přístupů. Samostatná práce.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2019
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 18. 2. až Pá 17. 5. Út 16:00–16:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2018
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 16:00–16:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika ) - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2017
- Rozsah
- 0/1. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 20. 2. až Po 22. 5. Po 15:00–15:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2016
- Rozsah
- 0/1. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 15:00–15:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2015
- Rozsah
- 0/1. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 15:00–15:50 C04/118
- Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2014
- Rozsah
- 0/1. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (cvičící) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji - Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2013
- Rozsah
- 0/1. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Ve cvičení se studenti seznámí s pokročilými bioinoformatickými metodami.
- Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2012 - akreditace
Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují
- Rozsah
- 0/1. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Ve cvičení se studenti seznámí s pokročilými bioinoformatickými metodami.
- Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. URL info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář
Přírodovědecká fakultajaro 2008 - akreditace
- Rozsah
- 0/2. Ukončení: z.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
- Garance
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Ve cvičení se studenti seznámí s pokročilými bioinoformatickými metodami.
- Osnova
- 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench. 2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin. 4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů). 5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb. 6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING). 7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu. 8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace). 9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics). 8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin. 10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze. 11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment. 12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.
- Literatura
- Výukové metody
- praktická cvičení
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
- Statistika zápisu (nejnovější)