C9926 Problémy molekulových simulací

Přírodovědecká fakulta
jaro 2019
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 18. 2. až Pá 17. 5. Po 15:00–16:50 C04/211
Předpoklady
C7790 Počítač.chemie a MM I
Frequent use of software for molecular modelling
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 1/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Cíle předmětu
Learn from the mistakes of others
Osnova
  • 1. Thermostats - flying ice cube; Equipartition theorem; hot solvent cold solute; stochastic thermostats and dynamics

    2. Long range interactions - cut off; charge neutrality of the system; dipole in the system

    3. Forcefiled - parametrisation; mixing rules; polarization catastrophe; implicit solvent

    4. External field - perpetum mobile

  • 1. Termostaty - letící ledová kostka (Flying ice cube); Zachování ekvipartičního teorému; oddělené termostaty pro různé částí systému; stochastické termostaty a dynamika

    2. Dalekodosahové interakce - cut off; elektroneutralita systému; dipól v boxu

    3. Forcefield - parametrizace; různá mixovací pravidla; polarizační katastrofa; implicitní solvent

    4. Externí pole - elektrické perpetum mobile

Literatura
  • The good, the bad and the user in soft matter simulations; DOI: 10.1016/j.bbamem.2016.02.004
  • Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers: Major Artifacts Due to Truncating Electrostatic Interactions; DOI: 10.1016/S0006-3495(03)75094-2
Výukové metody
Study of the literature, presentation and discussion

Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Presentation and discussion of the studied problem
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
S.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2017, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2025.