CG001 Úvod do genomiky a proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc. (přednášející)
RNDr. Roman Hobza, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Lenka Fajkusová, CSc. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C3181 Biochemie I
pro úspěšné zvládnutí předmětu je nezbytná základní orientace v biochemii (C3181) a molekulární biologii
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
cílem tohoto předmětu je seznámit studenty se základy genomiky a proteomiky jako významnými obory moderní biochemie.
Výstupy z učení
na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní pojmy související s genomikou a proteomikou; znát složení a rozdíly mezi genomy různých organismů; rozumět různým strukturním úrovním genomu; znát procesy probíhající v genomech včetně exprese proteinů; znát vztahy mezi vlastnostmi proteinů a metodami jejich studia; využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.
Osnova
  • genomika (Jan Paleček)
  • I. Úvod do genomiky a proteomiky
  • Genomy, transkriptomy, proteomy; Genotyp a fenotyp
  • II. Studium genomů
  • Genetické a fyzikální mapy, sekvenování; Identifikace genů, anotace; PCR, klonování; Funkční analýza genů
  • III. Anatomie genomů
  • Genomy prokaryot a organel; Jaderné genomy (eukaryota); Genomy virů a mobilní elementy
  • IV. Jak jsou genomy exprimovány
  • Transkripční faktory – transkripce – translace; Vyšší struktura chromatinu; Genom v prostředí buňky a organismu
  • V. Jak se genomy replikují a vyvíjejí
  • Replikace; Mutace, oprava, rekombinace; Evoluce
  • VI. Příklady studia genomů
  • proteomika (Jan Havliš)
  • I. proteiny
  • co jsou to proteiny? jak se přišlo na to, že existují? kde se proteiny vzaly? k čemu jsou v buňce dobré?
  • II. proteomika proteom je víc než jen mnoho proteinů pohromadě, proteotyp. proč je dobré proteom/proteotyp studovat? jak se to dělá?
  • III. identifikace proteinu
  • co máme v buňce za proteiny? jak je poznáme a odlišíme od sebe? proteoformy
  • IV. kvantifikace proteinů
  • kolik našeho proteinu je v buňce? jak se to dá změřit? specificita stanovení je důležitá
  • V. struktura proteinů
  • k čemu je dobré znát strukturu proteinů? jak ji můžeme zjistit? motivy a domény, předpovědi funkce.
  • VI. interakce proteinů
  • jak a proč spolu proteiny interagují? jak zjistíme tyto interakce? interakce protein-protein, proteinové komplexy.
Výukové metody
výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.
Metody hodnocení
zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze čtyř základních otázek (2+2 z genomiky a proteomiky), které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.
Informace učitele
teleprezenční přednášky se budou konat v prostředí MS teams. pokud je to možné, stáhněte si aplikaci prostředí. všichni studenti MU k ní mají přístup přes office 365, viz „externí služby“ v ISu. doporučuji naučit se práci v prostředí předem. použití prohlížečové verze omezuje váš přístup k některý užitečným funkcím. přednáška bude nahrávána ve formátu mp4 a posléze bude umístěna do studijních materiálů v ISu. návody k MS teams: https://is.muni.cz/auth/do/mu/samostudium/pages/02-online.html#teams
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2021.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2022/CG001