F8380 Základy molekulového modelování a bioinformatiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2011 - akreditace
Rozsah
1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Kamila Réblová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Josef Humlíček, CSc.
Ústav fyziky kondenzovaných látek – Fyzikální sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
  • Biofyzika (program PřF, M-FY)
  • Biofyzika (program PřF, N-FY, směr Molekulární biofyzika)
Cíle předmětu
Předmět se zaměřuje na základy molekulového modelování biomolekul pomocí molekulové dynamiky (MD). Přednáška je zaměřena na popis in silico biomodelu, použitých fyzikálně-chemických aproximací a samotného výpočtu. Diskutuje rovněž analýzu výsledků získaných ze simulací a další MD metody (např. LES, TMD, NEB nebo MMPBSA/MMGBSA). Předmětem přednášky bude rovněž seznámení se současnými bioinformatickými metodami (sekvenční alignmenty, databáze, homologní modelování a predikce struktur).

Hlavním cílem předmětu je umožnit studentům
- popsat a vysvětlit výpočty v rámci modelů molekulární dynamiky (MD) a použité fyzikálně-chemické aproximace
- aplikovat tento algoritmus na modelování biomolekul
- popsat současné bioinformatické metody
Osnova
  • 1. Definice silového pole, základní parametry
  • 2. Popis biomodelu
  • 3. Historie výpočetních metod
  • 4. Základy molekulové dynamiky
  • 5. Analýza MD výsledků
  • 6. Další simulační techniky
  • 7. Základy bioinformatiky
Literatura
  • Andrew R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, second edition, Published by Pearson Education EMA, January 2001
Výukové metody
Přednáška + diskuze v hodině
Metody hodnocení
kolokvium
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022.