Bi3307 Aktuální trendy v analýze tvaru a obrazu v antropologii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012 - akreditace

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Petra Urbanová, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Ústav antropologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav antropologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Hlavním cílem kurzu je prakticky procvičit práci s 2D a 3D digitizéry (tpsDig, MicroScribe), programy pro analýzu obrazu (SigmaScan) a programy pro analýzu tvaru (TPS, Morphologica, Past, Shape, EFAWin). Na konci kurzu bude student schopen: provádět digitalizaci kostí a částí těla živého člověka; analyzovat tvar metodami geometrické morfometrie; aplikovat histomorfometrické metody; porozumět a vysvětlit princip a základy pokročilých zobrazovacích metod.
Osnova
  • 1) Úvod do problematiky pokročilých metod v biologických vědách, typy vstupních dat,úprava vstupních dat (Excel, Statistika, SPSS, NTSYS, Past), popisná statistika, parametry, grafy, testování hypotéz
  • 2) Jednorozměrné statistické testy, přehled, použití, práce se statistickými programy
  • 3) Vícerozměrné statistické testy, přehled, použití, práce se statistickými programy
  • 4) Analýza obrazu a grafické programy
  • 5) Úvod do analýzy tvaru pomocí geometrické morfometrie, typy vstupních dat, záznam 2D dat, přístroje, aplikace, chyba metody
  • 6) Metody analýzy význačných bodů - 2D prostorová data
  • 7) záznam 3D dat, přístroje, aplikace, virtuální modely a jejich využití
  • 8) Metody analýzy význačných bodů - 3D prostorová data
  • 9) Metody analýzy pomocných bodů
  • 10) Metody analýzy obrysů - klasická a eliptická Fourierova analýza
  • 11) Metody analýzy obrysů - ostatní metody (Eigenshape analysis, vlnková analýza aj.)
  • 12) Zápočet
Literatura
  • Software: TPS, Rhinoceros, Morphologica, EFAWin, Shape, SigmaScan, Statistica, Photoshop, Photopaint, Past.
  • Bookstein, F. L. (1991): Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. Cambridge Univ. Press: New York.
  • Zelditch, M. L., D. L. Swiderski, H. D. Sheets, and W. L. Fink. (2004): Geometric Morphometrics for biologists: a primer. Elsevier Academic Press: London.
  • Kilian J., Šídlo R., Merglová V. (1981): K problematice určování stáří jedince podle chrupu. Soudní lékařství 26: 33-42, 49-54, 55-59.
  • URBANOVÁ, Petra a Vladimír NOVOTNÝ. Distinguishing between Human and Non-human bones: Histometric metod for forensic antropology. Anthropologie. 2005, XLIII, č. 1, s. 77-85, 8 s. ISSN 0323-1119. info
  • VYSTRČILOVÁ, Michaela a Vladimír NOVOTNÝ. Estimation of age at death using teeth. Variability and Evolution. Poznań: Adam Mickiewicz University, Faculty of Biology, Institute of Anthropology, 2000, č. 8, s. 39-49. ISSN 0860-7907. info
  • Kuhl, F.P. - Giardina, C.R. (1982): Elliptic Fourier Features of a Closed Contour. Computer Graphics and Image Processing 18: 236 - 258.
  • Iwata, H. - Ukai, Y. (2002): SHAPE: A Computer Program Package for Quantitative Evaluation of Biological Shapes Based on Elliptic Fourier Descriptors. The Journal of Heredity 93: 384 - 385.
  • Lestrel, P. E. - Cesar - Jr., R. M. - Takahashi, O. - Kanazawa, E. (2004): A Fourier-wavelet representation of 2-D-shapes: sexual dimorphism in the Japanese cranial base. Anthropological Science 112/1: 3 - 28.
Výukové metody
Blokové cvičení pro omezený počet vážných zájemců z řad DSP studentů antropologie, ve výjimečných případech i z jiných oborů (po předchozí domluvě). Počet účastníků je omezen technickým vybavením. Studenti pracují samostatně i ve skupinách na zadaném praktickém úkolu, zpracovávají laboratorní protokol; pod vedením lektora.
Metody hodnocení
Kurz je ukončen zápočtem po diskusi nad laboratorním protokolem.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, podzim 2018, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.