C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I

Přírodovědecká fakulta
podzim 2008
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 11:00–11:50 C04/211
Předpoklady
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Kurs je zaměřen na získání základních znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o reprezentaci molekul v počítači a o tom, jaké údaje zadat počítačovým programům, aby výsledky modelování byly realistické. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
Osnova
  • 1. Popis geometrie pomocí kartézských a interních souřadnic. 2. Molekulová mechanika, základní typy interakcí a jejich funkční vyjádření. 3. Přehled metod kvantové chemie. 4. Molekulová dynamika, základní vztahy. 5. Pojem hyperplocha potenciální energie (PES). Stacionární body na PES. 6. Minimimalizace energie, relaxace, fixace, driving. 7. Programy SPARTAN, HYPERCHEM. Základní funkce. Metodika studia konformačního chování. Výpočty struktury a energie.
Literatura
  • REMKO, M. Molekulové modelovanie. Princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000. info
  • JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
  • LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info
  • HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
  • FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info
Metody hodnocení
Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt.
Informace učitele
http://www.chemi.muni.cz/~jkoca/#TEACHING MATERIAL
Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 1999, podzim 2010 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.