C9925 Introduction to soft matter models of membranes and proteins

Přírodovědecká fakulta
jaro 2014
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus 1 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 13:00–14:50 C04/211
Předpoklady
Calculus and physical chemistry at basic university level (Základní znalosti matematiky a fyzikální chemie vysokoškolské úrovně)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 34 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
At the end of the course students should be able to: analyze existing coarse grained models or develop a basic new ones; identify a method and level of coarse graining in existing soft matter models; calculate protein-protein, protein-membrane, and membrane-membrane interaction strengths and their distance dependence; understand methods and phenomena in soft matter;
Osnova
  • 1) Introduction to coarse grained models
  • 2) Ideal chain approximation
  • 3) Ideal thin membrane
  • 4) Interaction of uncharged membrane and proteins
  • 5) Interaction of charged membrane and proteins I
  • 6) Interaction of charged membrane and proteins II
  • 7) Thermodynamic principles of self assembly
  • 8) Langmuir adsorption and grand canonical ensemble
  • 9) Dynamics and transport
  • 10) Advanced Monte Carlo
Literatura
  • Intermolecular and Surface Forces 3rd edition by Jacob N. Israelachvili; Academic Press 2010
  • Giant Molecules: Here, There, and Everywhere 2nd edition by Alexander Y. Grosberg et al.; World Scientific Press 2010
  • Soft Condensed Matter Physics in Molecular and Cell Biology by W.C.K. Poon and D. Andelman; Taylor & Francis 2006
Výukové metody
lectures and class discussions
Metody hodnocení
One multiple choice test - about 20 questions with multiple correct answer possibility. Correct answer is +1 point, wrong answer is -1/2 point. Minimum to pass is 50% of available points. (Jeden písemný test - okolo 20ti otázek s několika možnými správnými odpovědmi. Za správnou odpověď +1 bod, za špatnou -1/2 bodu. Pro uspěšné ukončení je potřeba minimálně 50% z maxima možných bodů.)
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.