Výše jsme vymezili fonologii jako disciplínu soustřeďující se na prvky schopné rozlišovat význam. Schopnost zobecnění přijímaného zvukového signálu je však ještě vyšší, v některých případech dochází ke změně formy slova (morfému kořene, ev. kmene slova), aniž by byla tato změna znění interpretována účastníky komunikace jako nová jednotka významová. K takové situaci dochází při hláskových alternacích uvnitř jednoho morfému, jež jsou běžné ve všech flektivních jazycích. Třída fonémů, které se takto střídají, tvoří jeden morfoném, zabývá se jimi vědní disciplína morfonologie.
Ukážeme si tuto situaci na češtině (výrazy uvádíme v pravopisné podobě, fonologická transkripce bude vysvětlena později a pro pochopení vztahu zde není nezbytná): Změna k - c - č přináší v některých případech změnu významu slova : kolek - čolek; kloní - cloní; celí - čelí. V řadě slov ruka - ručka - ruce; vlk - vlček - vlci ap. však Čech k, č, c do jisté míry spojuje, neboť je si vědom, že jde o tvary nebo odvozeniny od téhož slovního základu. Podobné vztahy jsou i mezi h - z - ž (hrát - zrát - žrát, ale noha - noze - nožka), ch - š (chytí - šití, ale moucha - mouše); příklady najdeme i ve vokalismu, např. ů - o (půlka – polka, ale dům - domu); o - a (rodu - radu, ale zmar - mořit). Podobné vztahy jsou v dalších slovanských jazycích. Příklady alternací jsou ovšem i v jiných jazycích, vzpomeňte na nepravidelná slovesa angličtiny, němčiny atd., jež se jako cizinci namáhavě učíme, zatímco rodilí mluvčí o souvislosti anglického beer - bore, awake - awoke, německého lesen - ich lese, er liest - ich las..., francouzského croire – je crois – nous croyons, devorie – je dois – nous devons nepochybují.
Tyto alternace existují v jazyce zákonitě, jsou pravidelné a účastníci komunikace je nechápou jako změny odrážející změny morfému (jednotky významové), při komunikaci od nich vlastně abstrahují. Střídání nevzniklo náhodně, je důsledkem starých vývojových procesů v jazyce. Většinou je zachytilo i písmo. V mluvnicích bývá výklad o alternacích zařazován do pasáží o flexi, resp. o tvoření slov.
Celkově tedy můžeme říci, že je soubor disciplín studujících mluvenou řeč dosti široký. Proto se dnes spíše než o fonetice mluví o fonetických vědách, k nimž se pak přirozeně přiřazují jak tradiční fonetika a fonologie, tak i související obory medicínské a přírodovědecké a řečové technologie v nejširším slova smyslu. Na mezinárodní úrovni jsou vědám studujícím zvukovou stránku řeči věnovány kongresy (první v r. 1932 v Amsterodamu). Od 5. kongresu (1964, Münster) jsou koncipovány široce jako kongresy fonetických věd, protože - jak jsme i ukázali - jsou mezi vědami značné přesahy a spojuje je jediné - zvukový signál lidské řeči jako objekt výzkumu.