Z výsledků křížení Morgan odvodil, že gen pro zbarvení očí musí ležet na jednom z pohlavních chromozomů.
Morganův objev, že geny jsou umístěny na chromozomech, byl důležitý zpětně k objevu G. Mendela, neboť poskytoval mechanismus, jakým se daly vysvětlit Mendelovy principy.
Poté Morganovi studenti našli mnoho dalších genů na pohlavním chromozomu X i na autozomech.