Studium, na kterém se podílí více fakultních nebo univerzitních pracovišť, logicky přináší určité organizační problémy jak pro studenty, tak pro učitele. Jde ale o relativně standardní organizační problematiku, která musí být managementem fakult a univerzity řešena tak, aby tyto problémy byly odstraněny nebo alespoň minimalizovány. Nejde o věc novou, mezifakultní studium funguje na MU již řadu desetiletí. Fakulty i univerzita na tuto činnost mají své orgány a pracoviště v podobě prorektora, proděkanů a studijních oddělení. Stejně tak existují univerzitní pravidla pro mezifakultní studium, jen je třeba je dodržovat. Pokud provedeme analýzu aktuálních problémů, na které poukazují studenti mezifakultního studia v anketě provedené na MU, nalezneme čtyři základní okruhy problémů: rozvrh, příslušnost k fakultě, studijní požadavky a informovanost. Existují ověřené postupy, které zajišťovaly a zajišťují sestavení rozvrhu výuky, který je reálný pro studenty i učitele. V minulosti byla mezifakultní výuka například mezi PdF a PřF rozvrhována na společném setkání rozvrhářů z různých fakult. Toto rozvrhování výuky mělo časovou prioritu, teprve pak následovalo sestavení fakultních rozvrhů. V éře informačního systému MU by tato technologie měla být ještě jednodušší. Pokud však podle zkušeností studentů a učitelů přetrvávají rozvrhové problémy, může to být díky obecným rozvrhovým problémům na jednotlivých fakultách (například malá kapacita učeben) nebo nedodržováním pravidel mezifakultního rozvrhování. Je otázkou, jestli tato pravidla aktuálně existují, jsou-li správná a zda kvůli živelným úpravám rozvrhů na začátku semestru nedochází k jejich narušení. Každý student mezifakultního studia je studentem univerzity. Jelikož podle zákona studium garantují a realizují fakulty, je zatím třeba, aby byl student na některé fakultě kmenově veden. K tomu slouží procedura přijímacího řízení, jímž je student přijat na určitou fakultu. Ta se musí postarat o organizaci jeho studia i v případě mezifakultního studia. Opět nejde o žádnou novinku, tento stav existuje mnoho let. Organizaci mezifakultního studia zajišťují příslušná studijní oddělení, která by měla těsně spolupracovat, a v praxi tomu tak je. Studijní oddělení například společně zajišťují státní závěrečné zkoušky a řadu dalších aktivit. Příslušní proděkani pro studium a přijímací řízení se v dostatečném předstihu dohodnou na kombinacích mezifakultního studia a na podmínkách jeho realizace. Jelikož v posledních letech probíhá unifikace studijních podmínek na univerzitě, nemělo by docházet k významné různosti studijních požadavků na studenty. Otázkou je, o jaké požadavky vlastně jde. Jestliže někteří studenti upozorňují například na nejasnosti při stanovování zápočtových úkolů, nejde o problematiku mezifakultního studia, ale neujasněné normy konkrétních učitelů. Potenciálním slabým místem každé velké organizace, jako jsou fakulty nebo univerzita, je systém tvorby a distribuce informací. Stále zdokonalovaný Informační systém MU by měl minimalizovat informační ,,šumy či bariéry". Stížnosti mezifakultních studentů na špatnou informovanost mohou být objektivní, pokud nedostatečně spolupracují informační zdroje a distributoři na jednotlivých fakultách. Mohou být ale i subjektivní, kdy student nemá dostatek dovedností či snahy informace vyhledávat. Univerzita jako právní subjekt má podle zákona právo uskutečňovat studijní programy. Orgány fakulty mají sice zákonné právo rozhodovat nebo jednat jménem vysoké školy ve věci tvorby a uskutečňování studijních programů, avšak akreditace studijních programů je opět udělována univerzitě. Toto silné zákonné postavení univerzity vůči studiu ji opravňuje mimo jiné ke stanovení jednotných pravidel pro realizaci studia na všech fakultách. Mezifakultní je dnes v podstatě každé studium /pokračování na straně 6