IV107 Bioinformatika Přednáška 5 Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno Jaro 2010 □ rS1 IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Bioinformatické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště :|= -O^O Předchozí týden ► Struktura genu ► prokaryotického ► eukaryotického ► Porovnání sekvencí ► globální (Needleman-Wunsch) ► semi-globální ► lokální (Smith-Waterman) IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat rS1 ~~ -= = 'OQ.O' Outline IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat Bioinformatické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat □ g t\= -00,0 Typy dat v databázích IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště ■ nucleotide sequence j_J mkroarray/gene expression | nonhurnan genomes [~j human genes/diseases B proteomfcs data □ pathways/interactions | plant data ■ RNA sequence/structure [J molecular biology □ human/vertebrate genomes [J protein sequences | structural data □ organelle data | immunological data http://www.agr.kuleuven.ac.be/vak □ rS1 f|= -00,0 Nárůst databáze GenBank Se+07 ■ 1 "genbanLgrbwtfutxt" using 3:5 8e*07 7e+07 6e*07 5e*07 4e+07 3e*07 28+07 i le+07 . i ' t t i 0 1 . ...i. 80 1985 1880 1885 2000 2005 2 10 □ o IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank . -nProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat ^) C\ Q- GenBank IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Genetic Sequence Data Bank February 15 2008 NCBI-GenBank Flat File Release 164.0 National Center for Biotechnology Information ► 85759586764 bases ► 82853685 sequences ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt Bioinform atické databáze Databáze GenBank . -iiProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG □ rS1 M= -O^O Součásti databáze GenBank ► INV, VRT, MAM, PLN, PRI, ROD, BCT, VRL ► PAT (Patents) ► HTGS (High Throughput Genomic Sequences) ► GSS (Genome Survey Sequences) ► ETS (Expressed Sequence Tags) ► STS (Sequence Tagged Sites) IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank . -iiProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat ► -š|= -OQ.O Príklad záznamu v databázi GenBank LOCUS SCU49845 5028 bp DNA DEFINITION Saccharomyces cerevisiae TCPl-beta gene, Axl2p (AXL2) and Rev7p (REV7) genes, complete ACCESSION U49845 VERSION U49845.1 GI:1293613 KEYWORDS . SOURCE Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast) ORGANISM Saccharomyces cerevisiae Eukaryota; Fungi; Ascomycota; Saccharomy Saccharomycetes; Saccharomycetales; Saccharomycetaceae; S Bioinformatické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEG G příště □ rS - = _^=-0^O Vyhledávání v sekvenčních databázích IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 ► textové (klíčová slova) ► sekvenční (BLAST) Bioinform atické databáze Databáze GenBank . -nProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG □ ö M= -O^O Príklad záznamu v databázi UniProt IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 st modified 5yno-yms References LK07 HUMAN C V 5346 01S4É2 39JÍÍC1 09Í.1QH& ím6A f March : :, 2 00 <\ Match : .■. ^ ■_: Lj ^: (Seque í.ion 21 jďuly 25, 2C36 lEnti ĽIM domain only protein 7 LOM P F-box only protain 20 Name: LWOl í-:;:-::; rr: :■;'.■. t>, KIňŕ\C J5B . daa s.-H.H., "A genomic map of a &-Hb r&gii deveIopmi?r.t: identiri-cation ai L-ium. Genet. 11Ü : 111-121 <2ÜC2 1 . KD TISSUE SPECIFICITY. (5316 J BCBI, SsSäSXs EBI, ľsraoi, äsčí".-Siľ'.íjSX.-SSSE. J ■ T ., Syť jaKpgfcá- S■ . at 13q2s-q22 implicated in cancer characterization oé candidate genes." Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště http://www.uniprot.org/ □ l5" :|= -O^O Príklad záznamu v databázi UniProt Key From To Length Description FTId CHAIN 1 1683 1683 LIM domain only protein 7. PROJ000075824 DOMAIN 54 168 115 CH. DOMAIN 1042 1128 87 PDZ. DOMAIN 1612 1678 67 LIM zinc-binding. 10 20 30 40 50 60 MKKIRICHIF TFYSWMSYDV LFQRTELGAL EIWRQLICAH VCICVGWLYL RDRVCSKKDI 70 80 90 100 110 120 ILRTEQNSGR TILIKAVTEK NFETKDFRAS LENGVLLCDL INKLKPGVIK KINRLSTPIA 130 140 150 160 170 180 GLDNINVFLK ACEQIGLKEA QLFHPGDLQD LSNRVTVKQE ETDRRVKNVL ITLYWLGRKA IV107 Bioinformatika I -Přednáška 4 Bioinformatické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat PDB IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 ROTEI S I>ATA BA M K Contact U: j Help j PnnŕPage An Information Portal to BioEogical Macromolecular Structures ____________________________________________________________I PQBSmižticsď ' — neEuiT£fi-i&of9il Results iL L .■: Refine [his Search 1 S u j t luii* Availing Reless« E 1X&Í Selecí All REiulUpei Page Show Uueiy Del ail t ® Results Help S1riirtiir.il Protein CJÍn. U.R.. Hag.iíľilma, 1., Hay as h ľ, F. Yokoyania. S. e i«.™ rentff so",lít" s «f IJ H domain In LLM-proteln.3 0 ix-ii rar-tps He, F.. Muto, T.. Inoue, M. Kigawa, T. Shtrcuřu, H Ternds. T. Yokovama, Solution siruclur ■ ml I IM rhniinii in I our.....I .1 linlf I :i . Mulo, Y. Incue, M. Kigawa, u, H., rerada,T._ Yokoyam. Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank □ r3" ~ M= -O Q* O- Záznam v PDB HEADER HYDROLASE(0-GLYCOSYL) 20-JAN-92 1HEW COMPND LYSOZYME (E - C - 3 - 2 - 1 - 17) COMPLEXED WITH THE INHIBITOR COMPND 2 TRI-N-ACETYLCHITOTRIOSE SOURCE HEN (GALLUS GALLUS) EGG WHITE AUTHOR J.C.CHEETHAM..P. J. ARTYMIUK..D .C .PHILLIPS REVDAT 1 31-JAN-94 1HEW 0 JRNL AUTH J.C.CHEETHAM..P. J.ARTYMIUK..D.C.PHILLIPS JRNL TITL REFINEMENT OF AN ENZYME COMPLEX WITH INHIBITOR JRNL TITL 2 BOUND AT PARTIAL OCCUPANCY. HEN EGG-WHITE JRNL TITL 3 LYSOZYME AND TRI-N-ACETYLCHITOTRIOSE AT 1.75 JRNL TITL 4 ANGSTROMS RESOLUTION JRNL REF J.MOL.BIOL. V. 224 613 1992 JRNL REFN ASTM JMOBAK UK ISSN 0022-2836 ( REMARK 1 REMARK 1 REFERENCE 1 REMARK 1 AUTH L .N. JOHNSON, J .C .CHEETHAM, P . J. MCLAUGHLIN, REMARK 1 AUTH 2 K.R .ACHARYA,D .BARFORD,D .C .PHILLIPS REMARK 1 TITL PROTEIN-OLIGOSACCHARIDE INTERACTIONS: LYSOZYME, REMARK 1 TITL 2 PHOSPHORYLASE, AMYLASES REMARK 1 REF CURR.TOP.MICROBIOL.IMMUNOL. V. 139 81 1988 REMARK 1 REFN ASTM CTMIA3 GW ISSN 0070-217X □ ö IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 IHEW 2 1HEW 3 IHEW 4 IHEW 5 IHEW 6 IHEW 7 IHEW 8 IHEW 9 IHEW 10 IHEW 11 IHEW 12 IHEW 13 70 IHEW 14 IHEW 15 IHEW 16 IHEW 17 IHEW 18 IHEW 19 IHEW 20 IHEW 21 51 IHEW 22 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank :|= -O^O Záznam v PDB Bioinformatické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat REMARK 5 THE THREE SUGAR UNITS OF THE INHIBITOR MOLECULE ARE BOUND 1HEW 56 REMARK 5 IN THE UPPER THREE SITES (A TO C) OF THE LYSOZYME ACTIVE 1HEW 57 REMARK 5 SITE CLEFT. NAG MOLECULES, NUMBERED 203, 202, AND 201, ARE 1HEW 58 REMARK 5 BOUND : IN SITES A, B, . AND C, RESPECTIVELY- 1HEW 59 SEQRES 1 129 LYS VAL PHE GLY ARG CYS GLU LEU ALA ALA ALA MET LYS 1HEW 60 SEQRES 2 129 ARG HIS GLY LEU ASP ASN TYR ARG GLY TYR SER LEU GLY 1HEW 61 SEQRES 3 129 A SN TRP VAL CYS ALA ALA LYS PHE GLU SER ASN PHE ASN 1HEW 62 SEQRES 4 129 THR GLN ALA THR ASN ARG ASN THR ASP GLY SER THR ASP 1HEW 63 SEQRES 5 129 TYR GLY ILE LEU GLN ILE ASN SER ARG TRP TRP CYS ASN 1HEW 64 SEQRES 6 129 ASP GLY ARG THR PRO GLY SER ARG ASN LEU CYS ASN ILE 1HEW 65 SEQRES 7 129 PRO CYS SER ALA LEU LEU SER SER ASP ILE THR ALA SER 1HEW 66 SEQRES 8 129 VAL A SN CYS ALA LYS LYS ILE VAL SER ASP GLY ASN GLY 1HEW 67 SEQRES 9 129 MET A SN ALA TRP VAL ALA TRP ARG ASN ARG CYS LYS GLY 1HEW 68 SEQRES 10 129 THR ASP VAL GLN ALA TRP ILE ARG GLY CYS ARG LEU 1HEW 69 HET NAG 201 15 N-ACETYL- -D-GLUCOSAMINE 1HEW 70 HET NAG 202 14 N-ACETYL- -D-GLUCOSAMINE 1HEW 71 HET NAG 203 14 N-ACETYL- -D-GLUCOSAMINE 1HEW 72 FORMÚL 2 NAG 3 (C8 H15 Nl 06) 1HEW 73 □ ö - _= = >T)(\(y IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Záznam v PDB HELIX 1 A ARG 5 HIS HELIX 2 B LEU 25 GLU HELIX 3 C CYS 80 LEU HELIX 4 D IHR 89 ILE HELIX 5 E VAL 109 ASN SHEET 1 SI 2 LYS 1 . PHE SHEET 2 SI 2 PHE 38 : IHR SHEET 1 S2 3 ALA 42 ! ASN SHEET 2 S2 3 SER 5Í ) GLY SHEET 3 S2 3 GLN 57 ' SER TURN 1 TI MET 12 HIS TURN 2 T2 LYS 13 GLY TURN 3 T3 LEU 17 TYR TURN 4 T4 ASN 19 GLY TURN 5 T5 TYR 20 TYR TURN 6 T6 SER 24 ASN TURN 7 T7 LEU 25 TRP TURN 8 T8 SER 36 ASN IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 15 1 1HEW 75 35 1 1HEW 76 84 5 1HEW 77 98 1 1HEW 78 113 1 1HEW 79 3 0 1HEW 80 40 -1 N THR 40 0 LYS 1 1HEW 81 46 0 1HEW 82 54 -1 0 SER 50 N ASN 46 1HEW 83 60 -1 0 ILE 58 N TYR 53 1HEW 84 15 TYPE III 1HEW 85 16 TYPE I 1HEW 86 20 TYPE II 1HEW 87 22 DISTORTED TYPE II 1HEW 88 23 TYPE ľ 1HEW 89 27 TYPE III 1HEW 90 28 TYPE III 1HEW 91 39 TYPE Ilľ 1HEW 92 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank □ ô M= -O Q* O- Záznam v PDB IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 CRYSTl 78 860 78 860 38-250 90 -0 0 90 -00 90-00 P 43 21 2 8 1HEW 113 ORIGX1 1 -00 0000 0 000000 0 - 30000 0 0- 30000 1HEW 114 ORIGX2 0 -00 0000 1 000000 0 - 30000 0 0- 30000 1HEW 115 ORIGX3 0 -00 0000 0 000000 1 - 30000 0 0- 30000 1HEW 116 SCALE1 0 -012681 0 000000 0 - 30000 0 0- 30000 1HEW 117 SCALE2 0 -00 0000 0 012681 0 - 30000 0 0- 30000 1HEW 118 SCALE3 0 -00 0000 0 000000 0 - 326144 0- 30000 1HEW 119 ATOM 1 N LYS 1 3 398 9 981 10 408 1 00 30 48 1HEW 120 ATOM 2 CA LYS 1 2 459 10 365 9 364 1 00 28 03 1HEW 121 ATOM 3 C LYS 1 2 458 11 880 9 149 1 00 21 93 1HEW 122 ATOM 4 O LYS 1 2 481 12 672 10 100 1 00 14 10 1HEW 123 ATOM 5 CB LYS 1 1 026 9 935 9 695 1 00 30 54 1HEW 124 ATOM 6 CG LYS 1 0 028 10 169 8 558 1 00 37 93 1HEW 125 ATOM 7 CD LYS 1 -1 415 10 089 9 048 1 00 33 23 1HEW 126 ATOM 8 CE LYS 1 -2 357 10 822 8 082 1 00 32 17 1HEW 127 ATOM 9 NZ LYS 1 -3 661 10 090 8 025 1 00 31 92 1HEW 128 ATOM 10 N VAL 2 2 429 12 232 7 880 1 00 17 30 1HEW 129 ATOM 11 CA VAL 2 2 395 13 653 7 465 1 00 14 47 1HEW 130 ATOM 12 C VAL 2 0 977 13 868 6 903 1 00 17 58 1HEW 131 ATOM 13 O VAL 2 0 642 13 368 5 826 1 00 32 65 1HEW 132 ATOM 14 CB VAL 2 3 533 14 012 6 536 1 00 22 88 1HEW 133 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank □ ô M= -O Q* O- Gene Ontology IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Funkce genů a proteinů zjišťujeme experimentálně Slovní popis není jednoznačný «- syntéza proteinů «- syntéza polypeptidů - translace - aktivita ribozomů Ontológie je způsob jak do používaných termínů vnést systém Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště □ rS1 :l= -O^O Gene Ontology biological process physiological process cellular process a cellular physiological process a physiological p 3ll cycle Of/ \is £ / V. ~se meioti \ ./part_of >_a\ / cell cycle cell division part of/ \p-a M phase meiotic cell cycle cytokinesis IS M phase of meiotic celí cycle part_of* IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat :|= -O O. O1 Gene Ontology ► Molekulární proces ► katalytická aktivita ► transport ► intermolekulárnívazba ► Biologický proces ► přenos signálu ► aktivace imunitního sytému ► regulace genů ► Buněčná složka ► buněčné jádro plazmatická membrána IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat rS1 ~~ -= = 'O o, O1 141 Gene Ontology - kódy zdroje dat Curator-assigned Evidence Codes ► Experimental Evidence Codes «- IDA: Inferred from Direct Assay «- IPI: Inferred from Physical Interaction - IMP: Inferred from Mutant Phenotype - IGI: Inferred from Genetic Interaction IEP: Inferred from Expression Pattern ► Computational Analysis Evidence Codes - ISS: Inferred from Sequence or Structural Similarity - IGC: Inferred from Genomic Context - RCA: inferred from Reviewed Computational Analysis ► Author Statement Evidence Codes - TAS: Traceable Author Statement ► NAS: Non-traceable Author Statement ► Curator Statement Evidence Codes - IC: Inferred by Curator ND: No biological Data available ► Automatically-assigned Evidence Codes - IEA: Inferred from Electronic Annotation ► Obsolete Evidence Codes IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Bioinformatické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště Metabolické dráhy Interact™/Aiswiali on types fr-* Irfteradion (slimulatciy] 1—I Irtaactionlrttíloiv] fr— Interaction W* teíKialiiiimísoKtiiHiíiiiiijctivílioii) Signal ling Modulos ------1 IFN ..:■■ Číra«« ^h IFtJi ^h Toll-liki rtreplM Dl B B u. I 0 ígja g BÍDO TLR module IRF3 module "4 Tiji^^ai module ~ ±11 na\ Jr STATI module iwjjf; JL» o u [j mis ^ n ms m es iss q q es co es c COiWMjiM IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště http://www.genome.jp/kegg/ UCSC Genome Browser IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Location Edit View Bookmarks lools Settings Help Gt ' , Q. Q G ^ j C id=73350821E,knownGgne=full|'i ij] |[ČL |T[Q V Human chr5:70,256.524-70,28... HJ,ll,.l!-»4l»rWBI y CR DNA Convert PDF/PS Help UCSC Genome Browser on Human Mar. 2006 Assembly move | <« | « \< \> | » | >» | í00m m | 1.5k | 3x | 10k | base | ZQQm out | 1.5k JJk | position/search I chr5:7Q,256,524-70,284,592 || jump [ clear | size 28,069 bp. [ configure chr-5 tcii3.2 I ■ ■■ _H «t ■»■■!■ ■ I ■ ■ HTJ-J H—H---------1------1- ----------IM-----------------------------1------------1—H-------1------H- Hsve Been SP,11™^, { ( ( ';: , .-,.'■:■■. v ->■■■.;:-•. : ľ:.'^: ■ r'vation 117 Soe( i_iMi.il L 1_ http://genome.uc5c.edu/cgi-bin/hgc7hgsid-733. . 523ŕ*r=. 0234^J2^db=hgl 86ipix=620 U fal ------- Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště OQ, O Ensembl Genome Browser IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Chr. 9 bsrti DNAtcorlgs) 21.60 Mb 2160 Mb 22.03 M — 22.20 Mb 22.40 Mb 1 III II IUI 1 í;', 1 1 1 D9S736 D9S1749 0932060 CBS' 314 D9S96G D9S790 D9S1B46 D351607 D9S2143 we 1033 D9S376 D9591B D9S2137 »is« D9S374 mm?, NferKera C&3942 CSS174B D9S1GQ4 D3S958 D35160 D35175 1 Errembl Genes LMTAP LCBorf53 LCDKN2A L0MHTA1 Vega Ha'iars Gere rcRNA Genes LCDKM2 3 - — " EST Geres '— Merged Known Protei n coding ■ Havana Known Protei n coding "■■■:'■ tl Hj- .1111 ľ'lljlh'í \--l-y.:-?ir}\ ll'JIDMir-! ■ Vega Havara Processed pseudogere Gere fegend ^Bvegs Havara Known Protein codirg RNAPseudogsne(Nowli ^HeST gene Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště □ S1 :|= -O^O GBrowse IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 GBrowse view of the Pto DC3000 region near PSPTO_1375 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště &ířsc!,sr Jcí.ví p sin ľ'ľíň je III cli-aperone Sľicľl ÍĚS582 tilpe III effector Hr Putative orthologs i Putative orthologs i Putative orthologs i Putative orthologs Psyr_1182 ■■í™*;-, .■..;: Pseudononas aeruginosa PHDl Pseudononas aeruginosa Pf) 14 Pseudononas fluorescens Pf-5 Pseudononas putida ET2ttllilllhlilll|| |flliHI >u-4f t hlU-i lUiBlllfU "H»flgi1*4 iiifl» WMdUť.uyrftjjriiii»Urlaubfůifth-njO. Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště :|= -O^O Golden Helix Genome Browser IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Plot o-f CoLuMiii Cuu-Tu'iid -IwjlůPinjm nssixirtion Ttilv lAddiW .'.todrli |3i2j Fte weiv neb C-J3-. í-j-|r-a::'ilfr[j-.r - ni ff X S EIL. Curf/IfrrW-lligWP-vA* Elfcß Cúrr/rr«ntf -balOP: 0 & Cwr/Tremi *glO P: [71 Hg Cofr/Trend JaglTJP: itsfil anoottnj RUm *-" □ a Hl b s Cjrait | rtstwy Iter ftnreatans SM*_A-iajB4 CK*,Trtrtd-toju p: ehr - 3: a.swras m:St;-FmmiM.fu mi ii n m iľm n i unii uii r Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UnlProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště □ rS1 - :|= -O^O IGB IV107 Bioinformatika I -Přednáška 4 Bioinformatické databáze Databáze Gen Bank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště □ g - = _^=^o°nO- JGI Browser IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 - •■ ■ - - - "S.„fl.....» ;scaffold_1:1-10DDOD Apply ■ Size: 1000QO Feature: JAM_UserModels:522' ^ 14« I 3x I 10« j Cue | ■^ 1.S» 3« 1»)t AA Fit | fliwj ^Permalirik 5^ Add custom tra + SI1.111J Fli|> iflWIl 1 "T II 11 Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště User lodels estExtDG_fgenesh iisidíGa kí ■J.JHiU CSUSM unigenes Bist JJllilll FgenŕE.h.nKiffis.ŕ'ä; -j »|-*|_li ciair.ESTs Blat »«001 ^twol I .1 1 i Contigs in Scaffol- II III IUI III * 39161 teat I hf I -ipts in catalog pel- Fri Jan 30 17:18:22 2000, 750 m. WH H 1 L. .... 31at »I . HM ■ II HI I ► ► W HH- □ rji - _= = ^)c\(^. RIKEN Genome Browser IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 ■ F«mj*jj PC*ÍA i thiLrb llri £!■■■■ i- — njjnll Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště □ o :|= -O^O GenoDive IV107Bioinformatikal ■ Přednáška 4 Bioinformatické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště □ rS - _= = Oc\o Příště IV107 Bioinformatika I-Přednáška 4 Analýza proteinových sekvencí, strukturních a funkčních dat Bioinform atické databáze Databáze GenBank Databáze UniProt Protein Data Bank Gene Ontology KEGG Příště □ rS1 :l= -O^O IV107 Bioinformatika I- /~\ (i ■ IV107 Bioinformati UUtline Přednáška4 Dodatek For Further Reading Dodatek □ g - _= = ^<\(y For Further Reading IV107 Bioinformatika I-Pŕednáška 4 Dodatek For Further Reading X □ g - _= = ^<\(y