Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval development
Jan Papoušek
Fl MU - Sybila
12. května 2010
□ &
Jan Papoušek
Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Háďátko obecné
• 0.1 mm dlouhá hlístice
• žije v půdě
• od roku 1974 modelový organismus (Sydney Brenner)
a první mnohobuněčný organismus, u něhož byl sekvenován kompletní
• dvě pohlaví - samčí, hermafroditní
□ - = = ^Q^O
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Vytvoření vuIvy u háďátka obecného
t
vulva
• probíhá u hermafroditů
• zahrnuje pouze několik buňek
9
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Účastnící se buňky
P3/4L P&BL    P7J8L P3/4R P5*B P7f8R
C P3.p       P4.p F&.p P6.p P7.p PS-p
LLTN TTTTNTLL
3° 3° 2° 1° 2° 3°
vulva
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Samotný proces
pharynx intestine anchor cell gonad
P3.p P4.p P5.p P6.p P7.p P8.p
• tvorba začína u třetího stádia larvy
• buňky jsou zarovnané na břišní straně pod gonádou
□        SP - =        .g ^c^O
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Samotný proces II
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Samotný proces III
Signály
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Mutace
• absence některého z genů lin-2, lin-3, lin-7, lin-10 nebo let-23
• vulva se nevytvoří - vulvaless (Vul)
• ovlivňuje indukční signál
• lin-15 mutace
• vytvoří se několik vulv - multivulva (Muv)
• ovlivňuje inhibující signál
• lin-12 mutace
• ovlivňuje postranní signál
□ - = = ^Q^O
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Interakce genů
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Anchor cell
Vulval precursor ce
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
VulNotMutated komponenta
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Srovnání s lin-15 mutací
\ ® B )gt
/ + \ lin-15
/m-/5 simulation /m-/5 simulation
©CB) • C5> •(5)   ® ® (2) (2) ® G)
□ r5
■0 0*0
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Shrnutí
• rozšíření statického modelu
z Sternberg, P. W. & Horvitz, H. R. (1989) Cell 58, 679-693.
• dynamický model dokáže reprezentovat čas a soběžnost
• ujasnění některých mezer našeho chápání biologických procesů
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel
Zdroje
• Jasmin Fisher, Nir Piterman, E. Jane Albert Hubbard, Michael J. Stern, David Harel (2004) Computational insights into Caenorhabditis elegans vulval development
• H. Robert Horvitz, Paul W. Sternberg (1991) Multiple intercellural signalling systems control the development of the Caenorhabdits elegans vulva
□ - = = ^Q^O
Jan Papoušek        Computational insights into Caenorhabdits elegans vulval devel