Přednáška k pokročilé analýze boolovských sítí (nepovinný materiál, nebude požadováno u zkoušky).

Vytvořte si účet na webu esther.fi.muni.cz (register). Po potvrzení registrace se k webu přihlašte a zadejte nový zjednodušený model signální dráhy pro FGFR růstový faktor:

<NETWORK>
<SPECIE name="FGF">
    <REGUL source="FGF" label="ActivatingOnly" ></REGUL>
</SPECIE>
<SPECIE name="Frs2">
    <REGUL source="FGF" label="ActivatingOnly" ></REGUL>
    <REGUL source="Erk" label="InhibitingOnly" ></REGUL>
</SPECIE>
<SPECIE name="Erk">
   <REGUL source="Frs2" label="ActivatingOnly" ></REGUL>
</SPECIE>
</NETWORK>

Vytvořte časovou řadu pro transientní chování efektoru. Zjistěte při jakých parametrizacích k tomuto chování dochází.

<SERIES>
    <EXPR values="((FGF=1&Frs2=0)&Erk=0)" ></EXPR>
    <EXPR values="((FGF=1&Frs2=1)&Erk=0)" ></EXPR>        
        <EXPR values="((FGF=1&Frs2=1)&Erk=1)" ></EXPR>    
        <EXPR values="((FGF=1&Frs2=0)&Erk=1)" ></EXPR>
        <EXPR values="((FGF=1&Frs2=0)&Erk=0)" ></EXPR>
</SERIES>

Analogicky zkoumejte možnost následujícího chování:

<SERIES>
    <EXPR values="((FGF=1&Frs2=0)&Erk=0)" ></EXPR>
    <EXPR values="((FGF=1&Frs2=1)&Erk=0)" ></EXPR>        
        <EXPR values="((FGF=1&Frs2=1)&Erk=1)" ></EXPR>    
</SERIES>

Specifikujte prostřednitvím syntaxe pmf souborů model dvou genů z předchozí přednášky (viz slajd 12).

Formulujte časovou sérii vyjadřující postupné nabíhání exprese genu "B" v serii 0 -> 1 -> 2, gen "A" se může chovat libovolně (např. měření bylo získáno genovým reportérem pro gen "B").

Je tato série kompatibilní s modelem?

Jaké parametrizace vysvětlují toto chování?