PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno Jaro 2016 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. EVROPSKÁ UNIE INVESTICE DO ROZVOJE VZDELÁVANÍ Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Informace o kurzu Kontaktní údaje PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Dr. Matěj Lexa, C506 (lexa@fi.muni.cz) ► Kurz: Út 8:00-9:50 (A219) ► Konzultace: Út 13:00-15:00 (C506) ► http ://www. f i. mu n i. cz/~lexa/teach i ng. htm I Kontaktní údaje PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Dr. David Šafránek, A408 (xsafran1@fi.muni.cz) Klasifikace PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Hodnotí se ► Úkoly 4x5 bodů ► Semestrální úkol 30 bodů ► Zkouška 50 bodů ► Klasifikační stupnice ► A 91 - 100 ► B 81 -90 ► C 71 - 80 ► D 61 - 70 ► E 51 - 60 ► F méně než 51 Osnova PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Genomové anotace ► Výpočty nad sekvencemi, konsenzus, repetice, mapování a skládání sekvencí ► Aplikace Markovovských modelů v bioinformatice ► Statická analýza sítí ► Dynamická analýza sítí PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Prohlížeče genomů (UCSC, Ensembl, GBrowse, IGV) ► Pokročilé funkce UCSC Genome Browser (Table Browser) ► Programovatelný přístup ke genomu přes rozhraní Biomart, GenomicRanges (R/Bioconductor) ► Bioinformatika genové regulace (JASPAR, TFBSTools) Výpočty nad sekvencemi, konsenzus, repetice, mapování PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Mnohočetné zarovnání a konsenzuální sekvence ► Diagram "dot ploť'a tandemové repetice ► Mapování sekvencí (BLAST, Bowtie-2) Aplikace Markovovských modelů v bioinformatice PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Markovovy řetězce ► Markovovy řetězce proměnného řádu ► Skryté Markovovské modely (HMM) ► HMM profily ► HMM pro identifikaci genů li/ i v v l v, \i r . .r ' I ' I ' PB051 Výpočetní metody v Naplň predmetu - cast systémová biologie b***,,™*..systémové II * biologu - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► metody a nástroje statické analýzy a integrace dat ► integrace dat ► rekonstrukce sítě genových interakcí z experimentálních dat ► analýza interakční sítě jako obecného grafu Metody a nástroje statické analýzy PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 ► statická analýza sítí a integrace dat ► nástroje: Cytoscape s několika moduly ► rekonstrukce genových regulačních sítí z microarray dat ► nástroje: GeneNetworks, GinSim ► dynamická analýza pravděpodobnostních modelů genových sítí ► nástroje: Dizzy ► metabolické sítě a jejich analýza ► nástroje: KEGG, metacyc, COPASI Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Struktura genomu Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Hum-un C-^ncrnť* Gertů? and Gen* Related- S&quönt« 12Q0Mb 4$ Mb 1152 Ml) :« j Inlor^eťiic DMA 10M Mb Citer intergariů ro-junů <5O0Mp UNEi 340 wlh MicrasÉteálites 90 Mt) SIN ES L -:: o m LTR ElameríLs 250 Mb 90 Mb Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Exons {regions of g Ernes coding lor protein, rRNA. oř ?RNAj (1.5%) Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Simple sequence Urge-segment DNA (3%) d upllcations Genome compacting PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Short region of DNA double helix "Beads on a string" form of chromatin 30 nin chromatin fibre of packed nudeosomes Section of chromosome in an extended form Condensed section of chromosome Entire mitotic chromosome 2 mu- ll nm 30 rim 300 nm 700 nm 1.400 nm images/chromosomes Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Eukaryotic transcription PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 general transcription RNA polymerase II gene regulatory proteins factors gene X - regulatory | spacer DNA sequence promoter the gene control region for gene X Mediator gene X RNA transcript gene regulatory proteins Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Figure 7-44 Molecular Biology of the Ceif5/e (© Garland Science 2008) Selected organizational characteristics of ESSSTiiffl ^ biologii - Týden 1 genomes Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► by topology ► modular ► hierarchical ► discrete, but elements sometimes fuzzy ► by end-product ► DNA (structure) ► RNA (tRNA, ncRNA, rRNA, siRNA...) protein ► complexes and particles (membrane sensor, flagellum, viral particle) Struktura genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 ► Geny ► proteiny (kódující, exon, intron) ► RNA ► Regulační sekvence promotory ► enhancery ► jiné ► Repetitivní sekvence ► mikrosatelity (STR) ► minisatelity (VNTR) ► satelity ► DNA transpozony, helitrony ► retrotranspozony (LINE, SINE, LTR) ► Cizí sekvence ► viry ► endo(retro)viry ► Oblasti (ne)podobnosti (homology) ► SNP ► delší strukturní variace ► Genomické ostrovy Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Dynamika genomu Genome changes (in sequence or number) PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 topology unchanged ► SNPs (point mutations) ► tandem repeat expansion/contraction 1- point translocation ► chromosome breakage chromosome fusion 2- point translocation ► deletions, conversions and exchanges (recombination effects) ► cut-paste (DNA transposon) ► copy-paste (retrotransposons) ► roling-circle (helitrons) 2-point translocation ► DNA methylation ► Histone methylation/acetylation Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Genome module changes PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► at DNA level ► exonization ► exon shuffling ► gene migration ► genome duplication ► at RNA level ► alternative splicing ► transcriptional fusion ► at protein level ► translational fusion Mutations PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 ONA (coding strand) T A |Cj T TgAAAggjGAT T H H H H rs H Transcription ^ UUUGGCUAA mRNA Translation ^ I ^ 1 J, Amino acid sequence ^— Lys — Phc -Gly (a) Normal DNA motecute DNA (coding strand) T A < ; T T C A A A Q C G A T T mRNA Amino acid sequence (b) Misscnso mutation AUGAAGUU u □ G C U A A Lys — Phe — Sor AACCGATT t a c jj t c a M * luft* augEaguuuggcuaa (c) Nonsense mutation TACTTCAACCGATT AUGAAGUUGGCUAA- ^— Lys — Leu — Ala (d) Frameshlft mutation Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Mutations PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Tandem repeat expansion or contraction PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Increase in repeat length 1. a. 3. 4. Initiot^iJi Decrease in repeat length 1h 3. 4, N N >■ 1234S&78Q10 1. É I -*—« . * * _ * . « _ N—*—+■ 1 234&678P1Ö 1 2Q4 5 6 M Ö 1011 '1 '2'a'4 's'6 '7'b 'q '10 mnamigninart 1234G67BG10 1 £ S 4 —>—►—*—»~ J -*—1 1-*-4-* 6 6 7 5 0 10 The new ejtanrtd is a d iff patient length to the 1-4-If il-.ltr-- 12346g7sq10 ********** ■4- + DNMTs + í^MBPs) \/7 + (HDACs) Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ONA LlaiiscndioČL^^ B, Transcriptionally inactive chromatin Snuira: hiaufawjiti Fame ©-2005 American AwticiaiMn of MeumkigicaJ Eurg-eoiiE RNA interference PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 FIGURE 18-6 RIMAi silencing. RNAi switches off the expression of a gene when dsRNA molecules that have homology to that gene are introduced, or made, in the cef[. This effect involves processing of the dsRNA to make siRNAs and miRNAs by the enzyme Dicer. Another enzyme involved only in the case of miRNAs—Drosha—k not shown here, but is described later The siRNAs and miRNAs direct a complex called RISC (RNA-induced silencing complex) to repress genes in three ways. It attacks and digests mRNA that has homology with the siRNA; it interferes with translation of those mRNAs; or it directs chromatin-modifying enzymes to the promoter that direct expression of those mRNAs. (Adapted, with permission, from Hannon G.J. 2002. Nature 416: 244-251, Fig. 5. © Macmiilan.) cytoplasm hkrna liiiiiiiiimimimiiiiiiiiiiniimmimiimii QSKFMA „m.mimimim.min...................mim TT siRNAs and U miRNAs miRNA chromatin remodeling Risc*^ym^ Í trans lational inhibition amplification degradation Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Transposable Elements DNA Transposons R&trotransposons Trunsposase Tci-miirinťr (1.4 kb| li u \m Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče LTR Retrotransposons HJ I \ 1 1 Pní 1'nv J^^| Prf II K J UKUV <~?.2 kh}, lAl'HÍKti| Autonomous Ott I-' 1 EN HI OKF2 í1 l 1 K I.I I kwMHiMil y iTi Non-LTR Retrotransposons Non-autonomous TSD H A(nJ Alu Ekrmm f.3 kb) Transposons PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Class I element Reverse transcription Reverse transcriptase -Aft AAA Integrase Q_ Transport to the nucleus Integra se Integration at; new post iůn New position Class II element TlR Transposase TIR -4- Excision 11 Transpasase Iranspcisase Integration at a new postion New position Helilron Single- ✓'»"Transposase stranded nick J Target A TC CTRR T larifet HuterodupLex formation Taigel J Replication T resolution Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Old position Old po ji Lion Nature Reviews j Genetici Transposase is the key protein in DNA transposons Target DNA Transposase Transposase binds the ends of Ac and Ds elements. PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Integration into new target site Ac or Ds at new location mAc or Ds» Transposons shape genomes of maize varieties tjc6058 I McC (111 kb} fiAT stel ^rpi35A fiypmf _ *^jpi„f 1^^'tac7077TJuce2« ftyproi CíUf ftypro 2 r/t lac6058 Ha/A HelB T5tcf rp/35A hyproi znf6™***1 tac70J\jTuce2 N --| o Wh *nT T _____»__t tin TAF72 "7 UC B73{73 h::,, tsc6058 H£r sfcl rp!ač hyprol V;' z„f - Uü _i_ --" »»» _^_ • _ Mot 7 (52 kb) rp/35A tac6°58 ^fstcŤ hyprol D tu A188 (55 kb) E '■>*>• CML258 (66 kb) tac7G77 X7uce2 H z/j/" * tac707rff uco2k Me/1-4 tac8058 yqnwr <™ z/ř/" tac7077¥? uce2 n __ _r ■ .ex rpf35A hyprol Huck2t rp/35A tac6058 u 1 » I137TN (121 kb) Hefl-k uakhyprocasK tf/iet •»— — — —. -* tac6058 Het1-6 - ,s/t/ rp/35A\ hyprol \} zn> HAT tac7077 XJt/ce2 N NalTel (79 kb) X//t Prš. N, H •' Coroico(159 kb) , rp/35A^flypro tac8058 uce2n PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Transposons shape phenotypes of maize SSS J 1 biologii - Týden 1 kernels Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Transposons shape phenotypes of grape SS;s , . biologii - Týden 1 varieties Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče N&tUfĚ Reviews | Genetics Získávání experimentálních dat o genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 ► organizace (konfokální a elektronová mikroskopie) ► sekvenace ► mapování metylace, nukleozomů ► měření transkripce (RNA-Seq, DNA čipy) ► identifikace regulačních sekvencí (Chip-Seq) ► funkce genů - podrobný výzkum Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče In silico anotace sekvence genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► predikce genů (např. GeneMark) ► homologie (zjišťování podobnosti sekvencí) (BLAT, MUMMER, BLAST) ► identifikace opakování (např. RepeatMasker, LTR Finder) Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Struktura genomu Genomové data prohlížeče UCSC Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Human chr5:7 Location Edit View Bookmarks Tools Settings Help GtQ,GtQ©0 * V id=73350821&knownGene=fullM -JM|£ %t Human chr5:70,256,524-7u,28. enomes ables Gene Sorter PGR DNA Convert PDF/PS Help UCSC Genome Browser on Human Mar. 2006 Assembly move «< I « < I > |H >» zoom in [ 1:'s" ] 3* I 10* I base zoom out I 5x I 3k I lux position/search [chr5:70,256,524-70,284,592 11 jump | clear~| size 28,069 bp. [ configure chrs iql3.2> _l J ChrSi702680061 702650001 702700001 702750001 702S0000I STS Markers on Genetic (blue) and Radiation Hybrid (black) Mabs STS Markers| UCSC Known Genes Eased on UniFrot., RefSeq, and GenEank mRNfl -t-h-h-m-h-t-t-h-t-t-; (c( ((c ((-h-h-h-h-h-h-h-h < c( (c ((c ((t-i ((c ((c (((i+t c ct c (((((( h (t ((c (((c t-t-H-e ňK130833 SHfl3ii)))))) SMN1 J jiij SMN2 éy.y,:. II: II: I) i I )))))))))) )))))) >)?))) ) 1 ) ) 1 ))])))) ",-l--- -H—H~ I1 II RefSeq Genes -H—H~ 4i 11 i 11 i 11 i i i i i i i i — J J RefSeq Genes i Human mRNfls Sb1 i ced ESTs I Conservat ion mouse rat rabbit dog armad i 1 lo e lebhant obossum r-Tr. i r L*an + -\—H- Human mRNfls from GenEank —-1-1—H- -I-h -I-H- Human ESTs mat Have Been Sb 1 i ced I I II III II I I Vertebrate Multiz Alignment & Conservation (17 Sbecies) enorme, ucsc. edu/cgi-bin/hgc?hgsid=733...523£ír=702845926ídb=hgl8£ípix=620 a Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Ensembl Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Chr. 9 band DNA(cortigs) Markers I D9S73S □SS1646 ErEembl Geres Vega Ha vara Genes rcRNA Genes EST Genes I II □9S1749 D9S1607 □9SG1G II lllll □9S2Ü6Ü D9S2143 D9S2137 D9S974 DSS942 D9S1748 D9S1GÜ4 D9S9S8 D95160 D9517ät LC9orf53 LCDKN2A LCDKN2 ■ Meiged Known Protein coding Hvega Havana Putative Processed trarEcript Gene legenj HVega Havara Krown Protein codirg RNA Pseudogene (Novel) BEST gene I II I II D9S1314 D9S36GD9S79Ü □9E1Ü63 D9S97G C6Í.1S7Ú DQÍ975 IJMRIAI Havana Known Protein coding Vega Havara Processed pseudogene Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 GBrowse view of the Pto DC3000 region near PSPTO_1375 li i h ii 1507k II Ii 11 1508k i i i I i ii 1509k i ii| ii i 1510k i i i I i i 1511k 111111 1512k iiiI ii ' 1513k H|l 1514k min 1515k 1.1 i I i i i 1516k i i i I i i i 1517k ii|ii 1518k. Rll Genes with links to Pseudomonas.con H hopNl hopAAl-1 hrpWl PSPT0_1371 shcM hopMl Rll proteins with links to NCBI type III effector HopNl type III helper protein HrpWl H 28868578 28868581 shcE avrEl type III chaperone ShcE 28868584 conserved effector locus protein 28868579 type III effector HopAAl-1 type III chaperone Shell 28868582 type III effector HopMl type III effector protein AvrEl 28868585 28868580 28868583 Putative orthologs in Pseudononas aeruginosa PH01 Putative orthologs in Pseudononas aeruginosa PR14 Putative orthologs in Pseudononas fluorescens Pf-5 Putative orthologs in Pseudononas putida KT244B Putative orthologs in Pseudononas syringae b728a Psyr_1185 Psyr_U82 Protein of unknown function UPF0187 Psyr_1184 Psyr_1188 Pectate lyase conserved effector locus protein avirulence protein AvrECPto) Psyr_1186_ type III effector HopPtoh* Psyr_1187 DspFAvrF Putative orthologs in Pseudononas syringae pv. phaseolicola PSPPH_1267 type III chaperone protein AvrF _ PSPPH_1268 type III chaperone protein Shell PSPPH_1264 type III helper protein HrpWl PSPPH_1265 type III effector AvrEl Putative orthologs in Pseudononas entonophila LIB Hll COGs uith links to NCBI CGG database C0G3781 Function unknown Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Argo PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 r £ Argw FHe TracK Ědlt S*l«t Vlew Zdám Hultrs Anúi^/c Ultr PodKnJirM Wlmtaw rteip ■ + íííkj SiihMAt* 900 *raa Pmfimiií [)hTA mHfM. Prďitic AA7TA7ATJL TGUrACATCM. . MJLUJMCJUCCTUT^AIM^U. bU.IL LATU. JUJL lllUUi JUOCCT^-=CAA.rCCCJU^UiCCWL.J J JLTECAAA7AJ IL ILAXAGAJ IL I COTCCTOATCUJUkT >TOirjKiiH;tciATtocufcCfcoiůíTCiccxrrArocTCTTtatqgrí;»t, ~,,u,lr r i vi. - £■,- I^ttcí-: ..v.-ctl:a.7ji:^jiciicr^uuTTiuuu^jiEuucir^rjccmr^rr jimni_______'"1 " '■ ~'' AJUsTTTiTaiJUTrTrTjjrn^ju^ ttc aju-jus fuvr^TTflTTTTiTrcAA^T^A^T^LL^ »'n:if • %r icr: i -túi ii w \ whůif Lúbrl IT. y.irfh Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče DecodeMe Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 OmiimiUJtMJ VtavAll MUlUiSiii i chrť chr] íhr-1 cíiib chrt íhrí chrt cíirí CUf (11Z Cíl tt< Cli «■ 11 CI U L í. í. ihr* C UM tu lilhllitl MNI lltiill III IIIKI ni .11 ■ I ntlll lllftMJI li i III 1'tttMiHIII i nllll Hul ill nMII I11U 1 .lliftliiMimr Hť-íii- Sip-.-PM ■Ii^rorr» .Ir qui ir.r flulld jÚ Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče : Jll SHPí iL«. u. Golden Helix Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 fei Ptot of Column Cor r/Trend TogTO P from Asiwiatl&n T«tí (Additiv Model} [3121 Re flew is ^ a xhqí iff X S |3 t™ Cofř/Třsnil-toglOP-vah* 0t£> Corr/Trend -^jgaQPichr 0 Je Corr/Irend *igllO P: dr... 0 Cmr/nend -log in Pí át .. 0 jfc QKT/Tříňlř -bgWPidw .„ ti item Sřnnoíhno FJíaf Ur* [HMjne 11 symbol □ Data Gormíe iff x Cucrent H*töfy user Auro a twr* Sí-í_A-33J?W C«ř/Iřend -tagin P: dr ■ 3: a_°OOW9 Posímn: crrB:ŮSÉŮ04» Ůr«hl I L 2 3 5 6 7 ů iG 10 11 12 13 » 15 W JT IB I X I ■ 1 1 * 1 ■ 1 1 ÍM1 MM Corr/Trend -EoglD P-value ■ Car/frend -tagiaP:dx - J ■ Cůn/ttend -togirjf>: ór - 4 ChrB:lS,2344M CfirB:54,B531M ChrB:9l,4Zl8M Crii-S:127,9SH y.li Gene Annotation !! IIIIII II LH II I III li i in Ii Iiiiiiiii ni i .i hi um Eil Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče IGB PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 [»00 Chromosome 1 (Arabidopsis thaliana TAIR8) - Integrated Genome Browser 5.5 File Edit View Bookmarks Tools Help TAIRB snoRNA Data Access Selection Info Sliced View Graph Adjuster Pattern Search Name Search Annotation Browser Arabidopsis thaliana Choose Data Sources and Dala Sets: Choose Load Mode for Data Sets: ► [jBiovizDASZ Choo&e Load Mode Whole Cen... :| Whole Cen... :| Whole Cen... Data Source Type TAIR8_ncRNA Bioviz QuickLoad TAIRB_snRNA Bioviz QuickLoad Whole Cen... ^ TAIRB_rRNA Bioviz QuickLoad Load sequence in View Current Sequence chr2 chrä chrt chr5 chrM chrC genome 19705359 23470805 16565042 366924 144907899 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče 65.3 MB / 1,016.1 M6 JGI Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 — Position - < > >> >>> scaffold 1:1-100000 « Scaffold » Apply I 1.5x 3x 1#K AA -■ General $ Perrnalink S^j, Add custom tracks + Stia I id Fl'l> i Open ■ Close Toolbar Size: 100000 Featuie: JAM UserModels:522 m Mill lliJll liiaaäiüj +!dU±i.Li ■Ml.:. i-l-M estExtDG_fgenesh_newKGs_kg Mill ±l±l±l EuGene Base Position GC Content Scaffold scaffold_l GeneCatalog User Models !Elälܱl±liJ CSUSM_unigenes Blát fgenesh_newKGs_kg □1+1 Hiiij estExtDG_fgenesh_newKGs_pm .□1+1. i+iijn day7_ESTs Blat □1+1 Ü 4JJJ 200001 3O0Ů0I 40»00| 500001 6OOŮ0I ?0t!O0| sooool 900001 65.00 ^ Contigs in Scaffolds * NI m IIL JIN Jib HI li I ti ™ tirTTrnrp m i f hi nu li i mu 11 iL U III III 'II ill II III III III i 39161 transcripts in catalog per Fri Jan 30 17:18:22 2009, 750 manually curated > II H HI I day I! User Models H II III llll: EST-extended Fgenesh cDNfi-based models H EuGene models i iKH li m * CSUSPLunigenes: Blat f> mi IHII esi Blat * IlUUIf,- II Nil 111 llrlHIl'1 IP11 till tttl ni r Fgenesh cDNA-based models H EST-extended Fgenesh homo I' 7 post-inoculation ESTs Blat mi! ogy-base;d modelsi IIUUÜ1 H 10ŮO0Ů H !■ HI I I ■ H II Ilk \ ITFl Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče RIKEN Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče