PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Týden 1
Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno
Jaro 2025
Outline
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
Informace o kurzu
Kontaktní údaje
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Dr. Matěj Lexa, C202 (lexa@fi.muni.cz) (3.-6. týden)
► Kurz: Po 12:00-13:50 (C122)
► Konzultace: St 14:30-15:30 (C202)
► http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
► Dr. Monika Čechová, A408 (cechova@fi.muni.cz) (2. týden)
Kontaktní údaje
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Dr. Vít Nováček, C221 (novacek@fi.muni.cz) (7.-9. týden)
► Kurz: Po 12:00-13:50 (C122)
► Dr. David Šafránek, A408 (xsafran1@fi.muni.cz) (10.-12. týden)
Klasifikace
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Hodnotí se
► Úkoly 2x5 bodů = 10 (jenom dr.Lexa)
► Projekt 3 x 20 bodů = 60
► Zkouška (prezentace projektů) 3x10 bodů = 30
► Klasifikační stupnice
► A 90- 100
► B 80-89
► C 70-79
► D 60-69
► E 50-59
► F méně než 50
Osnova
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Práce se sekvencemi, konsenzuální sekvence, návrh PCR, ortology, anotace genomů a proteinů.
► Rekonstrukce sítí, integrace dat
► Dynamická analýza sítí, modelování
Analýza sekvenčních a strukturních dat
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► Zdroje dat NCBI, PDB
► Prohlížeče genomů (UCSC, Ensembl, IGV)
► Mnohočetné zarovnání a konsenzuální sekvence
► Identifikace a vizualizace sekvenční podobnosti, fylogenetické stromy
► Anotace a vizualizace GFF3/BED souborů
► Vizualizace 3-D struktury proteinů
Náplň predmetu - část systémová biológie SSSJäíäž
11 J ^ biológii - Týden 1
Informace o kurzu
► metody a nástroje statické analýzy a integrace dat
► integrace dat
► rekonstrukce sítě genových interakcí z experimentálních dat
► analýza interakční sítě jako obecného grafu
Metody a nástroje statické analýzy
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu
► statická analýza sítí a integrace dat
► nástroje: Cytoscape s několika moduly
► rekonstrukce genových regulačních sítí z microarray dat
► nástroje: GeneNetworks, Hugin
► dynamická analýza kvalitativních modelů genových sítí
► nástroje: GinSim, CelICollective