GASSST
Global
Alignment
Short
Sequence
Search Tool Jana Applová
Základní údaje
Autoři:
 D. Lavenier ENS-Cachan/IRISA
 G. Rizk IRISA
 D. Fleury IRISA
 (Institute for Research in IT and Random Systems)
 Francie
 verze 1.262
 C++
 open source
Motivace
 potřeba rychlého a přesného zarovnávacího softwaru
 neomezování delecí a inzercí
 efektivita u dlouhých readů
GASSST
 seed-filter-extend
 hashovací tabulka
 PST... pre-computed score table
 TNW... Tiled NW
 FD-vec... frequency distance vectorized filter
Délka výpočtu
jednotlivých filtrů
Povinné parametry
 -d <bank_file>
: (string) Name of a DNA sequence bank in FASTA
format
 -i <query_file>
: (string) Name of a DNA sequence bank in FASTA
format - Short sequences
 -o <output_file>
: (string) Name of the output file to store the results
 -p <identity_percentage>
: (integer) Minimum percentage of identity. Must be in
the interval [0 100]
Doplňkové volby
 -w <size_seed>
 -m <output_format>
 -n <thread number>
 -l <complexity_filter>
 -t <size_partition>
 -r <reverse_complement>
 -g <gaps_number>
 -h <max alignment per read>
 -s <sensitivity level>
 -b <output best alignments>
Odkazy
 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/20/2534.f
ull.pdf+html (zpracovávaný text)
 http://www.irisa.fr/symbiose/projects/gassst/
(zde dostupný zdrojový kód)
 https://www.biocatalogue.org/
 http://gassst.genouest.org
 http://mobyle1.genouest.org/cgi-
bin/Mobyle/portal.py?#forms::gassst
(zde možno vyzkoušet GASSST online, potřeba e-mailu)
 http://www.genomequest.com
(další možnost, kde si vyzkoušet GASSST online, potřeba založení účtu)
INRIA and GenomeQuest entered a collaboration on licensing and development early 2010
(see http://wiki.genomequest.com/index.php/LSPMUL_GASSST for more information).
Děkuji za pozornost!