GASSST Global Alignment Short Sequence Search Tool Jana Applová Základní údaje Autoři:  D. Lavenier ENS-Cachan/IRISA  G. Rizk IRISA  D. Fleury IRISA  (Institute for Research in IT and Random Systems)  Francie  verze 1.262  C++  open source Motivace  potřeba rychlého a přesného zarovnávacího softwaru  neomezování delecí a inzercí  efektivita u dlouhých readů GASSST  seed-filter-extend  hashovací tabulka  PST... pre-computed score table  TNW... Tiled NW  FD-vec... frequency distance vectorized filter Délka výpočtu jednotlivých filtrů Povinné parametry  -d : (string) Name of a DNA sequence bank in FASTA format  -i : (string) Name of a DNA sequence bank in FASTA format - Short sequences  -o : (string) Name of the output file to store the results  -p : (integer) Minimum percentage of identity. Must be in the interval [0 100] Doplňkové volby  -w  -m  -n  -l  -t  -r  -g  -h  -s  -b Odkazy  http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/20/2534.f ull.pdf+html (zpracovávaný text)  http://www.irisa.fr/symbiose/projects/gassst/ (zde dostupný zdrojový kód)  https://www.biocatalogue.org/  http://gassst.genouest.org  http://mobyle1.genouest.org/cgi- bin/Mobyle/portal.py?#forms::gassst (zde možno vyzkoušet GASSST online, potřeba e-mailu)  http://www.genomequest.com (další možnost, kde si vyzkoušet GASSST online, potřeba založení účtu) INRIA and GenomeQuest entered a collaboration on licensing and development early 2010 (see http://wiki.genomequest.com/index.php/LSPMUL_GASSST for more information). Děkuji za pozornost!