Určování sekvence DNA
Od manuálních po plně automatické metody sekvenování
1st
generation:
Maxam-Gilbert (čtyři štěpící reakce – G, AG, C, TC)
Sangerova metoda (terminace syntézy druhého vlákna)
Next-generation:
454/Roche (pyrosekvenace, PP se chemicky vaze na emisi svetla)
SOLiD/LifeTechnologies (ligace fluorescenčních oligonukleotidů)
Solexa/Illumina (polymerace fluorescenčních nukleotidů)
3rd
generation:
Single-molecule sequencing:
Helicos (sekvenuje jednotlivé molekuly díky lepší optice)
SMRT/Pacific Biosciences (jamky pro jednu polymerázu)
IonTorrent (semiconductor sequencing)
Nanopore sequencing:
Oxford Nanopore
NABSys
NobleGen
Sanger Sequencing Centre
EBI - Hinxton
Ion Torrent vyrábí přístroj pro polovodičové sekvenování.
V srpnu byla firma převzata firmou LifeTechnologies.
Zachytává se elektrický signál z protonů (vodíkových
Iontů) uvolněných po navázání dalšího nukleotidu)
1. Jaký je počet nukleotidů v genomu:
bakterie E.coli
kvasinky
mušky Drosophila
člověka
pšenice
2. Jaká je průměrná délka zjištěných sekvencí u metod
první
druhé
třetí
generace?
3. Kolik trvá a stojí osekvenování jednoho lidského genomu?
1. Jaký je počet nukleotidů v genomu:
bakterie E.coli 4.6 Mbp
kvasinky 12 Mbp
mušky Drosophila 123 MBp
člověka 3200 Mbp
pšenice 16000 Mbp
2. Jaká je průměrná délka zjištěných sekvencí u metod
první 800 bp
druhé 100-400 bp
třetí 50-1500 bp
generace?
3. Kolik trvá a stojí osekvenování jednoho lidského genomu?
několik dnů - $10000