You are currently viewing the whole syllabus; go back to default view.
The speed of loading and viewing the syllabus may be slower when showing a large amount of content.
Chapter contains:
2
PDF
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 5/10/2020 to 18/10/2020.
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 19/10/2020 to 1/11/2020.
Teacher recommends to study from 2/11/2020 to 15/11/2020.
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 16/11/2020 to 29/11/2020.
Teacher recommends to study from 30/11/2020 to 13/12/2020.
Teacher recommends to study from 14/12/2020 to 27/12/2020.
Týden 1 - Organizace výuky, okruhy k řešení 6/10/2020
Nosními tématy letošních projektů budou:
- Grafové genomy, jejich tvorba ze sekvenčních dat okolí vybraných genů nebo repetitivních sekvencí (transpozonů). X
- Identifikace komponentů metabolických drah v sekvenačních datech. X
KEGG Database
Gene and pathway database
Short read archive (SRA)
Source of next-gen sequencing data
Velvet
Short read assembler
vg
Variation graph tools
Týden 2 - Prezentace: volba tém projektů 20/10/2020
- Eva Klimentová, Michal Hazdra - Porovnání sekvence genu COI mezi zástupci hmyzu
- Šimon Varga, Dávid Meluš - Zarovnanie nových sekvencií k pangenómu transpozónovej rodiny
- Branislav Brozmann, Viktória Bendíková - Rozlíšenie sekvencií SARS-CoV-2 z rôznych období/geografických zón
- Lucie Kolářová, Zuzana Hlušičková - Grafová reprezentace a vizualizace genomu streptokoka
- Daniel Plakinger, Ondřej Lošťák - Mapování biochemické dráhy na referenční genom kvasinky: příklad kvašení etanolu
- Michal Jiříček, Radoslav Doktor - Pan-genom okolia génu atTIP2:3 čeľadi Kapustovité (Brassicaceae) a následné porovnanie s grafovým genómom okolia génu atTIP2:3 A.thaliana
- Jana Sitárová, Jakub Chmelár - Pangenóm génov BCL2 a MYC u double hit lymfómov
Týden 3 - Pracovní schůzka 1 24/11/2020
Týden 4 - Pracovní schůzka 2 - 8/12/2020
Budu v MS Teams pokud by nekdo potreboval konzultovat svuj projekt nebo byl zvedav co resi ostatni.