Role jednotlivých resortů a institucí v systému zajištění bezpečnosti potravin Ministerstvo zemědělství odpovídá zejména za problematiku veterinární a fytosanitární, oblasti výživy a pohody zvířat a za procesy související s výrobou a označováním potravin a krmiv, za problematiku uvádění geneticky modifikovaných potravin a krmiv na trh. Rovněž řeší otázky bezpečnosti vstupů při výrobě, skladování, distribuci a používání potravin a krmiv. Dále odpovídá za oblast ochrany zvířat, která se vztahuje i na zacházení se zvířaty, a to z hlediska jejich ošetřování, výživy a napájení, hygieny prostředí, šlechtění, plemenitby a rozmnožování, využívání, přepravy, léčení, zdolávání hromadných onemocnění a usmrcování zvířat. Prostřednictvím příslušných orgánů státního dozoru provádí úřední kontrolu trhu v těchto oblastech. Ministerstvo zdravotnictví odpovídá za oblast společného stravování a předmětů a materiálů přicházejících do styku s potravinami. Dále pak, ve vztahu k výrobě a spotřebě potravin, za stanovení požadavků na potraviny v oblasti mikrobiologické, látek přídatných, pomocných a látek určených k aromatizaci potravin, kontaminantů, residuí pesticidů a veterinárních léčiv v potravinách a podmínek ozařování potravin. Zjišťuje příčiny ohrožení nebo poškození zdraví, a to i v oblasti výroby a uvádění potravin do oběhu. Je zodpovědné za agendu uvádění na trh potravin nového typu. Prostřednictvím příslušných orgánů státního dozoru vykonává kontrolní činnost nad trhem a službami v těchto oblastech. Ministerstvo životního prostředí je odpovědné za řízení jednotného informačního systému o životním prostředí, včetně plošného monitoringu životního prostředí na území České republiky, přípravy a aktualizace právních předpisů, týkajících se nebezpečných chemických látek a směsí a správu v nakládání s geneticky modifikovanými organismy. Ministerstvo průmyslu a obchodu zpracovává a udržuje systém na ochranu zájmů spotřebitele. Ministerstvo dopravy je kompetentní k zajišťování bezpečnosti potravin při jejich přepravě. Státní úřad pro jadernou bezpečnost je odpovědný za stanovení maximálních přípustných úrovní radioaktivní kontaminace potravin a řídí sledování a vyhodnocování radioaktivní kontaminace potravin v rámci činnosti celostátní radiační monitorovací sítě, odborně usměrňuje ostatní sledování a vyhodnocování radioaktivní kontaminace potravin. Celní orgány, které jsou příslušné k provádění celních kontrol, provádí při dovozu vybraných výrobků potravin a krmiv kontroly spolu s příslušnými orgány státního dozoru.