Gelová elektroforéza

                                                                                      Matúš Mihalčin

                                                                                         Ayoub Amleh

                                                                                 Khaled M. Alhibeedi



          Gelová elektroforéza se používá k třídění molekul nukleových kyselin -- např. DNA

                                    DNA je však nutno rozštěpit.

                        Jaký je princip třídění molekul nukleových kyselin?

q   Třídění je založeno na těchto rozdílech :

  O/    náboj fragmentů

    O/  čím delší fragment, tím má více fosfátových zbytků

      O/   čím více fosfátových zbytků, tím má fragment větší celkový záporný náboj

        O/  čím větší náboj, tím větší elektrostatická síla mezi fragmentem a A

    O/  při GEF se neuplatňuje velikost náboje, jen se ho využívá pro pohyb fragmentu k anodě

  O/    délka jednotlivých fragmentů

    O/   čím větší (delší) fragment, tím bude hůře (pomaleji) procházet gelem, který má stálý
    hustotní gradient

      O/   menší fragment se rychleji "prodere" gelem směrem k anodě

      

      viz. následující obrázek



                             Třídění molekul nukleových kyselin v gelu
                                             - postup:

O/    výroba gelu

O/    vzorek obsahující fragmenty DNA nanesen do jamky/jamek ve vrstvě gelu

O/    gel umístěn do elektrického pole (do elektroforetické vany)

O/    posun fragmentů směrem k anodě

O/    obarvení fragmentů fluorescenčním barvivem

O/    gel vložen do UV-transiluminátoru vybaveného kamerou, monitorem a počítačem se speciálním
softwarem

O/    získání fragmentů o určité délce

                                     1. Agarózový gel + výroba:

l  příprava z agarózy = přečištěný polysacharid z mořských řas rodů Gracilaria nebo Gelidium

l agarózový gel vzniká při ochlazení předtím povařeného roztoku agarózy.

l rozpuštění agarózového prášku v pufru povařením roztoku buď na topné ploténce kombinované s
magnetickým míchadlem nebo nově v mikrovlnné troubě

l následné vylití roztoku do formy s hřebínkem (vytvářející jamky)

l ochlazení roztoku -> gel, (proces je nazýván gelifikace), vyjmutí hřebínku z gelu, vyjmutí gelu z
formy -> gel





l     Gelidium