* Encoding: UTF-8. *Načtení dat. GET DATA /TYPE=XLSX /FILE='C:\Users\koritakova\Documents\Vyuka\DSAN01\2020 jaro\Odpovedniky_IS\Prakticke\neurodata_schizofrenici.xlsx' /SHEET=name 'data' /CELLRANGE=FULL /READNAMES=ON /DATATYPEMIN PERCENTAGE=95.0 /HIDDEN IGNORE=YES. EXECUTE. *** Textové popisky pro kategorie ***. val lab skupina_FESxK vysledek_klasifikace_FESxK 0 'Kontroly' 1 'FES'. val lab skupina01 vysledek_klasifikace_01 0 'Kontroly' 1 'FES a CH'. val lab skupina_CHxK vysledek_klasifikace_CHxK 0 'Kontroly' 1 'CH'. *** Otázka 1 ***. *Zadání: Specificita diagnostiky první epizody schizofrenie pomocí navržené metody (výsledky klasifikace pomocí navržené metody jsou ve sloupečku vysledek_klasifikace_FESxK) je rovna:. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_FESxK BY skupina_FESxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT COLUMN /COUNT ROUND CELL. *Použijeme některý z online kalkulátorů (https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php či https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php). *Závěr: Specificita je 66,7%. *Poznámka: Specificitu můžeme vyčíst i z kontingenční tabulky. Pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme SLOUPCOVÁ procenta, vyčteme procento v buňce Kontroly - Kontroly. *** Otázka 2 ***. *Zadání: Senzitivita diagnostiky schizofrenie (pacienti s první epizodou a chronici dohromady) pomocí navržené metody (výsledky klasifikace pomocí navržené metody jsou ve sloupečku vysledek_klasifikace_01) je rovna:. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_01 BY skupina01 /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT COLUMN /COUNT ROUND CELL. *Použijeme některý z online kalkulátorů (https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php či https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php). *Závěr: Senzitivita je 88,3%. *Poznámka: Senzitivitu můžeme vyčíst i z kontingenční tabulky. Pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme SLOUPCOVÁ procenta, vyčteme procento v buňce FES a CH - FES a CH. *** Otázka 3 ***. *Zadání: Negativní prediktivní hodnota diagnostiky chronické schizofrenie pomocí navržené metody (výsledky klasifikace pomocí navržené metody jsou ve sloupečku vysledek_klasifikace_CHxK) je rovna:. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_CHxK BY skupina_CHxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT ROW /COUNT ROUND CELL. *Použijeme některý z online kalkulátorů (https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php či https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php). *Závěr: Negativní prediktivní hodnota je 93,5%. *Poznámka: NPH můžeme vyčíst i z kontingenční tabulky. Pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme ŘÁDKOVÁ procenta, vyčteme procento v buňce Kontroly - Kontroly. *** Otázka 4 ***. *Zadání: Pozitivní prediktivní hodnota diagnostiky první epizody schizofrenie pomocí navržené metody (výsledky klasifikace pomocí navržené metody jsou ve sloupečku vysledek_klasifikace_FESxK) je rovna:. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_FESxK BY skupina_FESxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT ROW /COUNT ROUND CELL. *Použijeme některý z online kalkulátorů (https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php či https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php). *Závěr: Pozitivní prediktivní hodnota je 63,0%. *Poznámka: PPH můžeme vyčíst i z kontingenční tabulky. Pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme ŘÁDKOVÁ procenta, vyčteme procento v buňce FES - FES. *** Otázka 5 ***. *Zadání: Věrohodnostní poměr pozitivního testu u diagnostiky schizofrenie (pacienti s první epizodou a chronici dohromady) pomocí navržené metody (výsledky klasifikace pomocí navržené metody jsou ve sloupečku vysledek_klasifikace_01) je roven:. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_01 BY skupina01 /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT COLUMN /COUNT ROUND CELL. *Použijeme některý z online kalkulátorů (https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php či https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php). *Závěr: Věrohodnostní poměr pozitivního testu je 6,63. *Poznámka: Může vyčíst senzitivitu a specificitu z kontingenční tabulky. Pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme SLOUPCOVÁ procenta, senzitivita odpovídá procentu v buňce FES a CH - FES a CH a specificita odpovídá procentu v buňce Kontroly - Kontroly. Senzitivita je tedy 88,3% a specificita 86,7%. LR+ vypočítáme ručně jako senzitivita / (1-specificita) = 0,883 / (1-0,867) = 6,639 (zaokrouhleně 6,64 - vzniklo drobné zkreslení hodnoty zaokrouhlením senzitivity a specificity; pokud bychom chtěli přesnější číslo, museli bychom senzitivitu a specificitu zaokrouhlit na více desetinných míst). *** Otázka 6 ***. *Zadání: Věrohodnostní poměr negativního testu u diagnostiky chronické schizofrenie pomocí navržené metody (výsledky klasifikace pomocí navržené metody jsou ve sloupečku vysledek_klasifikace_CHxK) je roven:. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_CHxK BY skupina_CHxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT COLUMN /COUNT ROUND CELL. *Použijeme některý z online kalkulátorů (https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php či https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php). *Závěr: Věrohodnostní poměr negativního testu je 0,07. *Poznámka: Může vyčíst senzitivitu a specificitu z kontingenční tabulky. Pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme SLOUPCOVÁ procenta, senzitivita odpovídá procentu v buňce CH - CH a specificita odpovídá procentu v buňce Kontroly - Kontroly. Senzitivita je tedy 93,3% a specificita 96,7%. LR- vypočítáme ručně jako (1-senzitivita) / (specificita) = (1-0,933) / 0,967 = 0,07. *** Otázka 7 ***. *Zadání: Nejlepší výsledky byly dosaženy u klasifikace:. *Použijeme některý z online kalkulátorů (https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php či https://www.medcalc.org/calc/diagnostic_test.php), do nichž vložíme počty subjektů podle následujících kontingenčních tabulek. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_CHxK BY skupina_CHxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT COLUMN /COUNT ROUND CELL. *senzitivita=93,3%; specificita=96,7%; PPH=96,6%; NPH=93,6%; LR+=28; LR-=0,07; správnost=95,0%. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_FESxK BY skupina_FESxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT COLUMN /COUNT ROUND CELL. *senzitivita=56,7%; specificita=66,7%; PPH=63,0%; NPH=60,6%; LR+=1,7; LR-=0,65; správnost=61,7%. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_01 BY skupina01 /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT COLUMN /COUNT ROUND CELL. *senzitivita=88,3%; specificita=86,7%; PPH=93,0%; NPH=78,8%; LR+=6,63; LR-=0,13; správnost=87,8%. *Závěr: Nejvyšší hodnoty senzitivity, specificity, PPH, NPH a správnosti jsou u klasifikace pacientů s chronickou schizofrenií a kontrol (a také je nevyšší LR+ a nejnižší LR-). *Poznámka: Senzitivitu a specificitu můžeme vyčíst z kontingenční tabulky, pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme SLOUPCOVÁ procenta (pak senzitivita odpovídá procentu v buňce pacienti - pacienti a specificita odpovídá procentu v buňce kontroly - kontroly). PPH a NPH můžeme vyčíst z kontingenční tabulky, pokud zadáme skutečnost do sloupců a vypočítáme ŘÁDKOVÁ procenta (pak PPH odpovídá procentu v buňce pacienti - pacienti a NPH odpovídá procentu v buňce kontroly - kontroly). Správnost, LR+ a LR- bychom museli dopočítat ručně. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_CHxK BY skupina_CHxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT ROW /COUNT ROUND CELL. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_FESxK BY skupina_FESxK /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT ROW /COUNT ROUND CELL. CROSSTABS /TABLES=vysledek_klasifikace_01 BY skupina01 /FORMAT=AVALUE TABLES /CELLS=COUNT ROW /COUNT ROUND CELL. *** Otázka 8 ***. *Zadání: K odlišení pacientů (pacienti s první epizodou i chronici dohromady) od zdravých lidí je vhodnější použít:. *Provedeme ROC analýzu pro DSS test i Stroopův test. ROC DSStest BY skupina01 (1) /PLOT=CURVE(REFERENCE) /PRINT=SE COORDINATES /CRITERIA=CUTOFF(INCLUDE) TESTPOS(SMALL) DISTRIBUTION(FREE) CI(95) /MISSING=EXCLUDE. *AUC=0,961 (95% IS 0,922 - 0,999), p<0,001. ROC Strooptest BY skupina01 (1) /PLOT=CURVE(REFERENCE) /PRINT=SE COORDINATES /CRITERIA=CUTOFF(INCLUDE) TESTPOS(SMALL) DISTRIBUTION(FREE) CI(95) /MISSING=EXCLUDE. *AUC=0,839 (95% IS 0,759 - 0,919), p<0,001. *Závěr: K odlišení pacientů od zdravých lidí je vhodnější použít DSS test, protože má vyšší hodnotu AUC. *** Otázka 9 ***. *Zadání: Dělící bod (cut-off) DSS testu pro nejlepší odlišení pacientů (pacienti s první epizodou i chronici dohromady) od zdravých lidí je:. ROC DSStest BY skupina01 (1) /PLOT=CURVE(REFERENCE) /PRINT=SE COORDINATES /CRITERIA=CUTOFF(INCLUDE) TESTPOS(SMALL) DISTRIBUTION(FREE) CI(95) /MISSING=EXCLUDE. * Zkopírujeme tabulku "Coordinates of the Curve" do Excelu a vypočítáme senzitivitu + specificitu pro každý dělící bod a najdeme maximum. *Závěr: Nejlepší dělící bod pro odlišení pacientů od zdravých lidí je 77,5. *** Otázka 10 ***. *Zadání: Je tloušťka šedé hmoty levého fusiformního gyru vhodná k odlišení pacientů s první epizodou schizofrenie od zdravých lidí?. ROC lh_fusiform BY skupina_FESxK (1) /PLOT=CURVE(REFERENCE) /PRINT=SE COORDINATES /CRITERIA=CUTOFF(INCLUDE) TESTPOS(SMALL) DISTRIBUTION(FREE) CI(95) /MISSING=EXCLUDE. *AUC=0,54 (95% IS 0,393 - 0,687), p=0,595. *Závěr: Tloušťka šedé hmoty levého fusiformního gyru není vhodná k odlišení pacientů s první epizodou schizofrenie od zdravých lidí, protože plocha pod křivkou (AUC) je pouze 0,54 a je statisticky nevýznamná.