V první polovině 16. století vzniklo několik protestantských církví. Ve Francii se protestantům říkalo huguenoti. Ve druhé polovině 16. století se proti sobě postavili protestanti a katolíci, kteří se seskupili do Katolické ligy. Slabá královská moc se těžko prosazovala před mocnými šlechtickými rody. Králové nebyli schopni konflikt ukončit, umírali mladí, bez potomků. Krvavé války doprovázelo obrovské násilí, vraždy a masakry, například bartolomějská noc, masakr protestantů v Paříži v roce 1562. Jindřich III. byl dokonce zavražděn v roce 1589. Tak vymřel rod Valois. Oba tábory se shodly na volbě Jindřicha, krále navarrského z rodu Bourbonů, na francouzský trůn. Jindřich IV. byl protestant, ale přestoupil ke katolicismu. Bourboni vládli ve Francii až do Francouzské revoluce, posléze během restaurace v letech 1814/1815 až 1830. Jindřich IV. dokázal znovu sjednotit zemi a dát zemi mír. Nový král posílil královskou moc a je považován za zakladatele absolutismu ve Francii. V roce 1598 byl přijat nantský edikt, který zaručoval svobodu vyznání pro protestanty. Nantský edikt platil až do roku 1685, kdy byl odvolán Ludvíkem XIV., který byl k protestantismu nepřátelský. Toto zrušení ediktu vyvolalo emigraci mnohých protestantů, kteří se usadili například v Prusku a přispěli k jeho modernizaci. Jindřich IV. byl v roce 1610 zavražděn fanatickým katolíkem Françoisem Ravaillakem. Jeho syn Ludvík XIII. měl pouze 8 a půl let, když nastoupil na trůn. Vládu zajišťovala jeho matka Marie Medicejská jako regentka. Politice Ludvíka XIII. ve skutečnosti dominoval jeho první ministr, kardinál Richelieu. Jeho cílem bylo oslabení protestantů a posílení moci Francie. Ludvík XIII. se oženil s Annou Rakouskou, dcerou španělského krále z rodu Habsburků. Během třicetileté války však Francie podporovala protestantské státy proti Habsburkům a Katolické lize. Do války Francie přímo zasáhla roku 1635 a bojovala především se španělskými Habsburky, kteří ovládali i dnešní Belgii, mnohá území v Itálii a Franche-Comté. Francie tak chtěla prolomit své obklíčení. Třicetiletá válka skončila v roce 1648, ale válka s upadajícím Španělskem trvala až do roku 1659, kdy bylo Španělsko definitivně poraženo. Ludvík XIII. měl s Annou Rakouskou dva syny, Ludvíka, následníka trůnu, a Filipa, zakladatele rodu Orléans, mladší větve Bourbonů. Jeho syn, Filip II. Orleánský, se stal po smrti Ludvíka XIV. v roce 1715 regentem mladého Ludvíka XV. Jiný člen orleánské dynastie Ludvík Filip, zvaný Filip Rovnost, v roce 1792 hlasoval pro smrt krále Ludvíka XVI. Sám byl v roce 1793 obviněn z velezrady a gilotinován. Jeho syn Ludvík Filip se stal králem Francouzů v roce 1830. Tento poslední francouzský král vládl do roku 1848, kdy červencovou monarchii smetla revoluce. Monarchisté se v 19. století rozdělili na legitimisty, kteří podporovali Bourbony, a orléanisty, kteří požadovali liberální konstituční monarchii.